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Yorodumi- PDB-3w2a: Crystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w2a | ||||||
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Title | Crystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acting site upstream icsp promoter | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / ParS like DNA binding sites / ParB like protein / HTH DNA binding domain / ParB like / HTH DNA-binding motif / transcriptional activator / sequence specific dsDNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri 2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.775 Å | ||||||
Authors | Gao, X.P. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Structural insights into VirB-DNA complexes reveal mechanism of transcriptional activation of virulence genes Authors: Gao, X.P. / Zou, T.T. / Mu, Z.X. / Qin, B. / Yang, J. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. / Jin, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w2a.cif.gz | 149.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w2a.ent.gz | 116.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w2a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3w2a_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3w2a_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | Display | |
Data in XML | 3w2a_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3w2a_validation.cif.gz | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/3w2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/3w2a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vwbSC 3w3cC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16395.389 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: core domain, UNP residues 129-250 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri 2a (bacteria) / Strain: 301 / Gene: virB / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 (DE3) / References: UniProt: P0A247 |
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#2: DNA chain | Mass: 9395.096 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA |
#3: DNA chain | Mass: 9662.282 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.88 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1M MgCl2 0.1M Sodium acetate 16% PEG-400, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.97959 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2012 |
Radiation | Monochromator: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97959 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.775→48.246 Å / Num. all: 23902 / Num. obs: 23902 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 65.815 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.78→2.94 Å / Redundancy: 5.76 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 3942 / Rsym value: 0.761 / % possible all: 89.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VWB Resolution: 2.775→48.246 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7263 / SU ML: 0.48 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Phase error: 32.74 / Stereochemistry target values: ML Details: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.102 Å2 / ksol: 0.256 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 304.23 Å2 / Biso mean: 100.0706 Å2 / Biso min: 30.68 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.775→48.246 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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