[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3w3c: Crystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w3c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of VirB core domain complexed with the cis-acting site upstream icsb promoter | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / HTH DNA binding motif / PROTEIN-DNA COMPLEX / ParB box-A like sequence / ParB like fold / transcriptional activator / sequence specific dsDNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri 2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.431 Å | ||||||
Authors | Gao, X.P. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Structural insights into VirB-DNA complexes reveal mechanism of transcriptional activation of virulence genes Authors: Gao, X.P. / Zou, T.T. / Mu, Z.X. / Qin, B. / Yang, J. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. / Jin, Q. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w3c.cif.gz | 139 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3w3c.ent.gz | 108.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w3c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3w3c_validation.pdf.gz | 443.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3w3c_full_validation.pdf.gz | 446.9 KB | Display | |
Data in XML | 3w3c_validation.xml.gz | 9.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3w3c_validation.cif.gz | 12.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vwbSC 3w2aC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16254.703 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 129-250 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri 2a (bacteria) / Strain: 301 / Gene: virB / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta DE3 / References: UniProt: P0A247 |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 8097.236 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA |
#3: DNA chain | Mass: 7875.119 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.43 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.3 Details: 0.1M MgCl2, 0.1M Sodium Acetate, 30% PEG400, 8%(v/v)1,3-Butanediol, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1.54001 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→40.85 Å / Num. all: 13931 / Num. obs: 13895 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.95 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 20.49 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.58 Å / Redundancy: 3.97 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 2174 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 95.8 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry: 3VWB Resolution: 2.431→40.85 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7913 / SU ML: 0.46 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.88 / Phase error: 26.71 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.72 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.18 Å2 / Biso mean: 59.666 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.431→40.85 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|