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- PDB-3tau: Crystal Structure of a Putative Guanylate Monophosphaste Kinase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tau
タイトルCrystal Structure of a Putative Guanylate Monophosphaste Kinase from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Putative guanylate kinase / reversible phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase / GMP kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwok, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Guanylate Monophosphaste Kinase from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwok, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4136
ポリマ－48,1022
非ポリマー3114
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.733, 65.321, 107.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Guanylate kinase / GMP kinase


分子量: 24050.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: gmk, lmo1827 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8Y672, guanylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20%PEG 3350.0.2M Na Sulfate0.1M Bis-Tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 26526 / Num. obs: 26526 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 39.25
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / Num. unique all: 1323 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
PHENIXモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→24.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 1341 5.07 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1841 26458 100 %-
all-26526 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5843 Å20 Å20 Å2
2---6.7556 Å20 Å2
3---3.1713 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2997 0 16 324 3337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013093HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.964172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d01469SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes082HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0442HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it03093HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd03SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0396SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact03799SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.13 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 139 4.88 %
Rwork0.1963 2708 -
all0.1993 2847 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3008-0.9314-0.94460.61870.40684.2169-0.0463-0.2019-0.07130.02170.04840.02040.14410.2222-0.0022-0.1862-0.00410.0258-0.1180.0122-0.12710.596116.966259.6497
213.5436-2.3216-0.80334.1467-2.812210.6320.0405-1.0879-1.0856-0.19090.00050.03830.7839-0.1785-0.041-0.1444-0.0447-0.0031-0.06280.034-0.1555-4.086512.016375.3513
39.0165-0.13881.93120-3.20586.58250.3396-0.2198-0.299-0.23330.00420.13750.3669-0.4376-0.3438-0.1061-0.06090.002-0.0949-0.0227-0.1603-6.173116.441769.7856
45.21230.89421.98510.89950.72274.47210.1836-0.2442-0.15730.2442-0.01070.0089-0.0702-0.0487-0.1729-0.0629-0.03840.0173-0.08020.0113-0.12034.501621.245465.0792
54.4812-0.5468-3.46194.21131.27644.82780.32260.11410.1348-0.06010.01080.111-0.4147-0.6937-0.3334-0.05750.05350.01630.01520.0372-0.03520.528524.385356.2716
60.7413-1.7585-1.29680.50522.49784.1394-0.01620.204-0.028-0.24460.0327-0.23970.293-0.0814-0.01650.1917-0.1003-0.12620.44230.03230.0819-1.244715.15232.3799
75.68391.62774.80845.58993.37882.8995-0.03330.69520.1526-0.483-0.07170.0746-0.2601-0.12140.105-0.1219-0.0538-0.00820.21210.0753-0.1157-6.202619.492838.9821
82.49070.48680.20070.693-1.05161.3630.05180.1040.0597-0.0809-0.01690.0316-0.0847-0.0557-0.0349-0.14730.00820.0145-0.1005-0.0061-0.11989.466621.719250.3385
91.72370.6478-0.92129.62860.32010.26140.0415-0.17730.02530.42540.0110.0202-0.0529-0.0191-0.0525-0.0304-0.04040.0661-0.1043-0.0299-0.086615.540635.263161.7274
100.32881.5316-0.72320.0158-0.49480-0.0054-0.284-0.06620.1777-0.1086-0.10590.19540.26570.1140.16860.00380.05550.2569-0.1812-0.052220.963140.474171.0663
113.3381-2.6735-0.32961.5195-3.28446.2147-0.08110.2516-0.1091-1.0102-0.0318-0.50420.86850.14880.11290.0834-0.12160.1708-0.1823-0.02540.024527.548936.729546.8222
126.28910.0518-0.63089.5421.12377.3186-0.19950.1709-0.32950.28340.2577-0.5420.3958-0.2568-0.0583-0.1013-0.07630.0138-0.2368-0.0593-0.190232.959251.042835.2744
132.6161.385-2.03650.91-3.13974.9565-0.0364-0.1899-0.0841-0.08240.2315-0.07130.6185-0.7391-0.19520.0583-0.13980.0206-0.0267-0.0328-0.051527.264754.102539.6371
142.246-3.77520.46045.50812.43520.3933-0.13780.4334-0.1656-0.87960.06560.06970.3816-0.48650.07220.2327-0.30380.12780.01360.0273-0.185221.142941.068439.1492
155.4042-0.59480.28487.0077-3.45684.5463-0.1117-0.20830.30140.0390.1849-0.3173-0.3333-0.1318-0.0732-0.0849-0.0580.0885-0.1517-0.0549-0.121522.000245.390353.7748
169.5582.9696-1.12443.94750.32462.90890.4717-1.04680.4910.3278-0.1816-0.0268-0.37260.6572-0.2901-0.0079-0.14220.08710.0312-0.118-0.131424.893845.798863.3613
179.21460.88131.97572.4488-0.35531.1117-0.10170.2283-0.2004-0.17570.136-0.29550.00170.1904-0.03420.0034-0.03680.1025-0.1008-0.0287-0.050119.868330.354150.6828
181.7313-0.7682-4.61385.0232-3.71730-0.00390.43530.1982-0.45040.0919-0.0792-0.0811-0.0731-0.0880.0653-0.0301-0.01170.07810.1386-0.07822.998828.549737.6584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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