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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cyu | ||||||
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タイトル | NMR structure of a downhill folding protein | ||||||
要素 | 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / helix bundle / downhill folding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Munoz, V. / Sadqi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: Atom-by-atom analysis of global downhill protein folding. 著者: Sadqi, M. / Fushman, D. / Munoz, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cyu.cif.gz | 238.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cyu.ent.gz | 196.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cyu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4400.073 Da / 分子数: 1 / 断片: E3-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in E coli. 参照: UniProt: P0AFG7, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 90% H2O, 10% D2O, trace amounts of DSS for NMR calibration 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5.3 / 圧: ambient / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: THE FIRST THREE RESIDUES OF OUR PROTEIN VARIANT ARE NOT STRUCTURED (NO DISTANCE RESTRAINTS). ACCORDINGLY, THE COORDINATES FOR THE N-TERMINAL NAPHTHYLALANINE ARE NOT SHOWN | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |