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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cvj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of thioredoxin reductase-related protein TTHA0370 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | thioredoxin reductase related protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / thioredoxin reductase-related protein / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kashihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of thioredoxin reductase-related protein TTHA0370 from Thermus thermophilus HB8 著者: Kashihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19246.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.3M NaH2 Phosphate, 0.9M K2H Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月9日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→31.97 Å / Num. all: 164790 / Num. obs: 23729 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.94 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.6635 Å2 / ksol: 0.413362 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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