ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | SADIE | | データ削減 | SAINT | | データ削減 | SAINT | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 531730.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: CRYST1 TEXT TO EXPLAIN UNUSUAL UNIT-CELL DATA: HEXAGONAL OBVERSE SETTING
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.258 | 560 | 5.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.196 | - | - | - |
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obs | 0.196 | 10853 | 89.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2037 Å2 / ksol: 0.331602 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -16.89 Å2 | -0.25 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -16.89 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 33.78 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.43 Å | 0.33 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.82 Å | 0.58 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→9.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2976 | 0 | 0 | 8 | 2984 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.84 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.27 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.19 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.99 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.43 | 79 | 5.4 % |
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Rwork | 0.356 | 1379 | - |
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obs | - | - | 71.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.top | | | |
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