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万見
- PDB-2co3: Salmonella enterica SafA pilin, head-to-tail swapped dimer of Ntd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2co3
タイトルSalmonella enterica SafA pilin, head-to-tail swapped dimer of Ntd1 mutant
要素SAFA PILUS SUBUNIT
キーワードFIBRIL PROTEIN (フィブリル) / PILUS SUBUNIT (性繊毛) / ADHESION (接着) / PATHOGENESIS / FOLD COMPLEMENTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Saf-pilin pilus formation protein / Saf-pilin pilus formation protein / アドヘシン / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Remaut, H. / Rose, R.J. / Hannan, T.J. / Hultgren, S.J. / Radford, S.E. / Ashcroft, A.E. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Donor-Strand Exchange in Chaperone-Assisted Pilus Assembly Proceeds Through a Concerted Beta-Strand Displacement Mechanism
著者: Remaut, H. / Rose, R.J. / Hannan, T.J. / Hultgren, S.J. / Radford, S.E. / Ashcroft, A.E. / Waksman, G.
履歴
登録2006年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAFA PILUS SUBUNIT
B: SAFA PILUS SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9082
ポリマ－28,9082
非ポリマー00
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)50.373, 41.216, 59.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350THE N-TERMINAL EXTENSION PEPTIDE OF ONE SUBUNIT, CHAIN B,INSERTS INTO THE FOLD OF ANOTHER, CHAIN A. THIS INTERACTIONIS REPETED IN THE POLYMER, AN N-TERMINAL EXTENSION OFMOLECULE C WOULD INSERT IN TO THE SUBUNIT OF MOLECULE B , DINTO C ETC

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要素

#1: タンパク質 SAFA PILUS SUBUNIT


分子量: 14454.134 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-28 AND 36-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
株: LT2 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: Q8ZRK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 3-9 WERE DELETED IN THE SAMPLE USED IN THE EXPERIMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.5 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 30% PEG 4000, 100 MM MES, PH 5.6, 200 MM AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→20 Å / Num. obs: 201192 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→15 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SIDE CHAINS WITH NO VISIBLE ELECTRON DENSITY ABOVE 1 SIGMA HAVE OCCUPANCY SET TO 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 1154 5 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.1837 22411 97.1 %-
溶媒の処理Bsol: 47.32 Å2 / ksol: 0.370467 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.245 Å20 Å20.653 Å2
2---1.479 Å20 Å2
3---1.234 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1990 0 0 257 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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