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万見
- PDB-2cnu: Atomic resolution structure of SAICAR-synthase from Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cnu
タイトルAtomic resolution structure of SAICAR-synthase from Saccharomyces cerevisiae complexed with aspartic acid
要素PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE
キーワードLIGASE / PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLESUCCINOCARBOXAMIDE (SAICAR) SYN LIGASE / ACETYLATION / ATP BINDING PROTEIN / PURINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Urusova, D.V. / Antonyuk, S.V. / Grebenko, A.I. / Levdikov, V.M. / Barynin, V.V. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Melik-Adamyan, W.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Saicar Synthase: Substrate Recognition, Conformational Flexibility and Catalysis.
著者: Urusova, D.V. / Antonyuk, S.V. / Grebenko, A.I. / Levdikov, V.M. / Barynin, V.V. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Melik-Adamyan, W.R.
履歴
登録2006年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,61711
ポリマ－34,5451
非ポリマー1,07210
水12,755708
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.023, 62.497, 78.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE / SAICAR SYNTHETASE


分子量: 34545.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: P27616, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化pH: 7.5
詳細: TRIS-HCL BUFFER, PH 7.5, ASPARTIC ACID, AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→24 Å / Num. obs: 131992 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A48

1a48


解像度: 1.05→23.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.854 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 6644 5 %RANDOM
Rwork0.132 ---
obs0.134 125306 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→23.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 0 62 708 3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2421.9874011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.05636383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6865369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.9711519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9711519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3520.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2230.22963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.481.52197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.98822830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.04431411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9564.51155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 452
Rwork0.265 8431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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