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万見
- PDB-2cnj: NMR studies on the interaction of Insulin-Growth Factor II (IGF-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cnj
タイトルNMR studies on the interaction of Insulin-Growth Factor II (IGF-II) with IGF2R domain 11
要素CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / TRANSPORT / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / IGF2R / CANCER / MEMBRANE / LYSOSOME / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-II
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport ...clathrin coat / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / transport vesicle / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / liver development / post-embryonic development / trans-Golgi network membrane / phosphoprotein binding / trans-Golgi network / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / insulin-like growth factor receptor activity / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / spermatogenesis / early endosome / endosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily ...Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / WATER REFINED IN CNS
データ登録者Williams, C. / Prince, S. / Zaccheo, O. / Hassan, A.B. / Crosby, J. / Crump, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Interaction of Insulin-Like Growth Factor 2 with Igf2R Domain 11.
著者: Williams, C. / Rezgui, D. / Prince, S.N. / Zaccheo, O.J. / Foulstone, E.J. / Forbes, B.E. / Norton, R.S. / Crosby, J. / Hassan, A.B. / Crump, M.P.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6521
ポリマ－16,6521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST ENERGY, LEAST VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR / IGF2R DOMAIN 11 / CI MAN-6-P RECEPTOR / CI-MPR / M6PR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR 2 RECEPTOR / ...IGF2R DOMAIN 11 / CI MAN-6-P RECEPTOR / CI-MPR / M6PR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR 2 RECEPTOR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II RECEPTOR / IGF-II RECEPTOR / M6P/IGF2 RECEPTOR / M6P/IGF2R / 300 KDA MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR / MPR 300 / MPR300 / CD222 ANTIGEN


分子量: 16651.848 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 11, RESIDUES 1508-1650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11717
構成要素の詳細PROMOTES THE TRANSPORT OF PHOSPHORYLATED LYSOSOMAL ENZYMES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121TOCSY
131NOESY
141HNCA
151HN(CA)CB
161CBCA(CO)NH
171(H)CCH- TCOSY
181HNHA
191HNBA
1101HNCO
1111HN(CA)CO
1121HN(CO)CA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELLED, 15N AND 13C, 15N-LABELED DOMAIN 11.

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試料調製

詳細内容: 5% D2O/ 95% H2O
試料状態pH: 5.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
NMRDraw構造決定
NMRPipe構造決定
CNS構造決定
精密化手法: WATER REFINED IN CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: WATER REFINED USING RECORRD SCIPTS IN CNS. A.J.NEDERVEEN,J.F.DORELEIJERS,W.VRANKEN, Z.MILLER, C.A.SPRONK, S.B.NABUURS, P.GUNTERT, M.LIVNY, J.L.MARKLEY, M.NILGES, E.L.ULRICH, R.KAPTEIN AND A.M. ...詳細: WATER REFINED USING RECORRD SCIPTS IN CNS. A.J.NEDERVEEN,J.F.DORELEIJERS,W.VRANKEN, Z.MILLER, C.A.SPRONK, S.B.NABUURS, P.GUNTERT, M.LIVNY, J.L.MARKLEY, M.NILGES, E.L.ULRICH, R.KAPTEIN AND A.M.BONVIN, PROTEINS. RECOORD: A RECALCULATED COORDINATES DATABASE OF 500+ PROTEINS FROM THE PDB USING RESTRAINTS FROM THE BIOMAGRESBANK. PROTEINS 59, 662-672.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LEAST VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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