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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cnb | ||||||
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タイトル | Trypanosoma brucei UDP-galactose-4-epimerase in ternary complex with NAD and the substrate analogue UDP-4-deoxy-4-fluoro-alpha-D-galactose | ||||||
![]() | UDP-GALACTOSE-4-EPIMERASE | ||||||
![]() | EPIMERASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / UDP-GALACTOSE-4- EPIMERASE / NAD / ISOMERASE / TRYPANOSOMA BRUCEI / UDP-4-DEOXY- 4-FLUORO-ALPHA-D-GALACTOSE | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glycosome / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Alphey, M.S. / Ferguson, M.A.J. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trypanosoma Brucei Udp-Galactose-4-Epimerase in Ternary Complex with Nad+ and the Substrate Analogue Udp-4-Deoxy-4-Fluoro-Alpha-D-Galactose 著者: Alphey, M.S. / Burton, A. / Urbaniak, M. / Boons, G.J. / Ferguson, M.A.J. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 249.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43806.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-UFG / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SER -1 AND HIS 0 IN EACH SUBUNIT CORRESPOND TO A VISIBLE FRAGMENT OF THE 6HIS AFFINITY TAG USED FOR ...SER -1 AND HIS 0 IN EACH SUBUNIT CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 % |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 8% PEG 8000, 200MM KCL, 50MM NA2B4O7, 5% GLYCEROL, PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→92 Å / Num. obs: 49501 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 78.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→91.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 15.525 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→91.67 Å
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拘束条件 |
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