PDB-2clp: Crystal structure of human aflatoxin B1 aldehyde reductase member 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2clp

タイトル

Crystal structure of human aflatoxin B1 aldehyde reductase member 3

要素

AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE FAMILY 7 / NAD / NADP / TIM BARREL / SSA REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

aldehyde metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / : / 酸化還元酵素 / electron transfer activity / Golgi apparatus / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Debreczeni, J.E. / Marsden, B.D. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Guo, K. / Smee, C. / Gileadi, O. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Aflatoxin B1 Aldehyde Reductase Member 3
著者: Debreczeni, J.E. / Johansson, C. / Kavanagh, K. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.

履歴

登録	2006年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年12月4日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2clp.cif.gz	662 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2clp.ent.gz	541.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2clp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/2clp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/2clp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bp1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qce-d 3cbw-d 6d4d-d 2vpo-d 3qcf-d 5xgx-d 2jxr-2 4h1g-d 3qcb-d 1gve-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

C: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

D: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

E: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

F: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

G: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

H: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

I: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

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ヘテロ分子

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1

A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

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2

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3

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4

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5

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6

K: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.963, 126.963, 490.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	38 - 95
2	1	1	1	B	38 - 95
3	1	1	1	C	38 - 95
4	1	1	1	D	38 - 95
5	1	1	1	E	38 - 95
6	1	1	1	F	38 - 95
7	1	1	1	G	38 - 95
8	1	1	1	H	38 - 95
9	1	1	1	I	38 - 95
10	1	1	1	J	38 - 95
11	1	1	1	K	38 - 95
1	2	1	1	A	103 - 360
2	2	1	1	B	103 - 360
3	2	1	1	C	103 - 360
4	2	1	1	D	103 - 360
5	2	1	1	E	103 - 360
6	2	1	1	F	103 - 360
7	2	1	1	G	103 - 360
8	2	1	1	H	103 - 360
9	2	1	1	I	103 - 360
10	2	1	1	J	103 - 360
11	2	1	1	K	103 - 360
1	1	2	1	A	96 - 102
2	1	2	1	B	96 - 102
3	1	2	1	C	96 - 102
4	1	2	1	D	96 - 102
5	1	2	1	E	96 - 102
6	1	2	1	F	96 - 102
7	1	2	1	G	96 - 102
8	1	2	1	H	96 - 102
9	1	2	1	I	96 - 102
10	1	2	1	J	96 - 102

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.92114, 0.38811, 0.02958), (0.3858, 0.92045, -0.06274), (-0.05158, -0.04638, -0.99759)	-0.46333, 0.1532, 0.21906
2	given	(0.38716, 0.91966, -0.06586), (-0.91324, 0.39233, 0.10987), (0.12688, 0.01761, 0.99176)	-101.53127, -47.82928, -14.27185
3	given	(0.02067, 0.99977, -0.00527), (0.99045, -0.02119, -0.13625), (-0.13633, -0.0024, -0.99066)	-117.69337, 32.67796, 85.38853
4	given	(-0.95205, 0.30376, -0.03637), (-0.30535, -0.95085, 0.05152), (-0.01893, 0.06016, 0.99801)	-0.2554, 0.45812, -0.09426
5	given	(0.99291, -0.11395, 0.03393), (-0.11551, -0.99213, 0.04835), (0.02815, -0.05192, -0.99825)	3.23648, 57.26335, 65.88905
6	given	(0.73909, -0.67254, -0.03792), (0.67258, 0.7399, -0.01351), (0.03714, -0.01552, 0.99919)	17.82523, -37.76281, 12.7297
7	given	(0.73909, -0.67254, -0.03792), (0.67258, 0.7399, -0.01351), (0.03714, -0.01552, 0.99919)	17.82523, -37.76281, 12.7297
8	given	(-0.4811, 0.86624, -0.13476), (-0.87622, -0.48005, 0.04234), (-0.02801, 0.13845, 0.98997)	-56.70195, -45.35274, -37.19968
9	given	(0.78637, 0.61347, 0.07265), (0.6166, -0.78665, -0.03155), (0.03779, 0.0696, -0.99686)	-23.92447, 11.14372, 73.95727
10	given	(-0.25024, -0.9664, 0.0588), (0.96816, -0.24937, 0.0219), (-0.0065, 0.06241, 0.99803)	-67.96445, 34.4998, 25.89974

#1: タンパク質	AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3 / AFB1-AR 2 分子量: 39052.223 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O95154
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	DISCREPANCIES FOUND IN THE SEQUENCE ARE DUE TO KNOWN DIFFERENCES BETWEEN VARIANTS. THE SEQUENCE ...DISCREPANCIES FOUND IN THE SEQUENCE ARE DUE TO KNOWN DIFFERENCES BETWEEN VARIANTS. THE SEQUENCE USED FOR DESIGNING OUR CONSTRUCT CORRESPONDS TO THE SEQUENCE FOUND IN: GI\|19343680 OR BC025709. IN UNIPROT THIS VARIANT IS REFERRED BY THE FTID=VAR_017417

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 600 NL SITTING DROPS 0.05 M CACL2, 10% ETHYLENE-GLYCOL, 0.1 M TRIS PH 8, 20% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→59.09 Å / Num. obs: 92971 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.98 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.16
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 4.84 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BP1

2bp1

解像度: 3→164.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 53.159 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	4628	5 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	0.24	88149	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	0.89 Å²	0 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→164.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26897	0	532	12	27441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	28206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.966	38517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.15	3	44209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.526	5	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.41	23.206	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.506	15	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.045	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	31827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	6250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	18304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	13708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	13849
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.327	1.5	18239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.547	2	27891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.808	3	11818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.347	4.5	10626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3917	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	3917	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	3917	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	3917	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	3917	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	3917	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	3917	tight positional	0.02	0.05
1	8	H	3917	tight positional	0.04	0.05
1	9	I	3917	tight positional	0.02	0.05
1	10	J	3917	tight positional	0.02	0.05
1	11	K	3917	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	55	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	55	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	55	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	55	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	55	tight positional	0.02	0.05
2	6	F	55	tight positional	0.02	0.05
2	7	G	55	tight positional	0.02	0.05
2	8	H	55	tight positional	0.02	0.05
2	9	I	55	tight positional	0.02	0.05
2	10	J	55	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	3917	tight thermal	2.17	99
1	2	B	3917	tight thermal	1.92	99
1	3	C	3917	tight thermal	2.44	99
1	4	D	3917	tight thermal	2.41	99
1	5	E	3917	tight thermal	2.24	99
1	6	F	3917	tight thermal	2.29	99
1	7	G	3917	tight thermal	2.38	99
1	8	H	3917	tight thermal	2.24	99
1	9	I	3917	tight thermal	2.09	99
1	10	J	3917	tight thermal	2.06	99
1	11	K	3917	tight thermal	2.32	99
2	1	A	55	tight thermal	2.89	99
2	2	B	55	tight thermal	1.97	99
2	3	C	55	tight thermal	1.15	99
2	4	D	55	tight thermal	0.56	99
2	5	E	55	tight thermal	3.84	99
2	6	F	55	tight thermal	2.83	99
2	7	G	55	tight thermal	1.35	99
2	8	H	55	tight thermal	3.28	99
2	9	I	55	tight thermal	1.09	99
2	10	J	55	tight thermal	0.73	99

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.403	320
R_work	0.393	6337

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4098	0.4961	0.1586	2.7948	0.5625	5.7681	-0.4065	0.1865	-0.1912	0.0698	0.0278	-0.169	0.8424	0.982	0.3787	-0.2567	0.1895	0.1623	-0.4228	0.0927	-0.3698	-10.9763	25.3426	57.9276
2	2.0748	0.0012	0.4678	3.7949	-0.9005	4.978	-0.0962	-0.0921	0.0636	0.3535	-0.2393	0.4314	0.2123	-1.5582	0.3355	-0.3814	-0.123	0.2221	0.0083	-0.2253	-0.2916	-46.8953	32.3069	49.087
3	3.8062	0.2778	0.8931	1.6831	-0.301	5.1092	0.097	0.3532	-0.3435	-0.0251	0.0233	-0.1291	1.1409	0.2367	-0.1204	-0.4119	0.1334	-0.0794	-0.0461	-0.1822	-0.3702	-86.2911	-21.4996	42.2693
4	3.3309	0.2876	-0.5919	1.5325	-0.7727	4.7581	-0.0809	-0.2971	0.2452	0.1673	0.0695	-0.053	-1.2201	-0.0739	0.0115	-0.3812	0.0896	-0.0281	-0.045	-0.1668	-0.3721	-93.1117	13.2717	29.3346
5	2.3881	0.0495	-0.2424	4.444	-0.4884	3.4351	-0.0586	0.066	0.0504	-0.5354	-0.1486	0.3818	0.1415	-0.9975	0.2072	-0.3907	-0.0248	-0.0225	-0.0687	-0.1955	-0.3183	-45.4043	32.7112	13.2515
6	2.3141	-0.7183	-0.5747	3.3447	0.5501	4.3015	0.028	-0.1176	0.1551	-0.0422	-0.1437	-0.2177	-0.1285	0.6038	0.1156	-0.3662	0.1113	0.0692	-0.4264	0.0218	-0.3656	-8.5745	36.2333	6.4823
7	2.9842	-0.8769	-0.8871	3.0094	0.6342	5.2664	-0.2813	0.3706	0.0329	-0.1149	0.0287	0.0377	-0.3184	0.7216	0.2527	-0.1887	-0.4771	-0.0958	-0.3158	0.1664	-0.3628	-9.5358	-27.285	69.8438
8	3.2072	-1.0355	-0.1033	3.7204	-0.1621	3.2741	-0.3547	0.5095	-0.3805	0.0046	-0.0989	0.5837	0.5848	-1.0865	0.4537	-0.0884	-0.6163	0.0662	0.1804	-0.2266	-0.0003	-40.166	-46.1268	59.7311
9	3.5523	-1.4197	-0.5523	3.2026	0.0168	3.3633	-0.033	0.8239	-0.5677	-0.3885	-0.2997	0.4804	0.6658	-0.9898	0.3326	0.3432	-0.7189	-0.0865	0.7028	-0.4931	0.0545	-37.2228	-45.3988	24.008
10	3.773	-1.058	-0.8324	2.9327	-0.3721	2.5464	0.3083	-0.1669	0.5256	-0.2603	-0.1533	-0.2527	-0.2397	0.1379	-0.155	0.3891	-0.5135	0.1211	0.3949	-0.3197	0.1169	-12.8006	-17.3796	17.5214
11	3.7524	0.1636	-0.6106	2.0018	0.5162	5.2574	0.212	-0.0568	0.2335	-0.2391	0.0705	-0.2236	-1.0059	0.3437	-0.2825	-0.3746	-0.0518	0.1817	-0.3654	0.0104	-0.4279	-86.2956	18.9123	85.3833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	38 - 360
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	38 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	38 - 360
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	38 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	38 - 360
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	38 - 360
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	38 - 360
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	38 - 360
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	38 - 360
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	38 - 360

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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