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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ckq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Choline Kinase alpha 2 in complex with Phosphocholine | ||||||
![]() | CHOLINE KINASE ALPHA | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / PHOSPHOLIPID SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malito, E. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidation of Human Choline Kinase Crystal Structures in Complex with the Products Adp or Phosphocholine. 著者: Malito, E. / Sekulic, N. / Too, W.C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45376.262 Da / 分子数: 2 / 断片: SPLICE ISOFORM 2, RESIDUES 50-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. ...THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. THE SEQUENCE FROM OUR CONSTRUCT LACKS THE FIRST N-TERMINAL 49 RESIDUES. THE SEQUENCE BELOW CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.01 M MGCL2, 15% PEG 3350, 0.2 M NAF., pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 46369 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1NW1 解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 17.554 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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