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- PDB-2cjf: TYPE II DEHYDROQUINASE INHIBITOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cjf
タイトルTYPE II DEHYDROQUINASE INHIBITOR COMPLEX
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / DEHYDROQUINASE / SHIKIMATE PATHWAY / DEHYDROQUINATE / DRUG DESIGN / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-RP4 / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Payne, R.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Abell, A.D. / Lapthorn, A.J. / Abell, C.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2007
タイトル: Design, synthesis, and structural studies on potent biaryl inhibitors of type II dehydroquinases.
著者: Payne, R.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Kerbarh, O. / Abell, A.D. / Lapthorn, A.J. / Abell, C.
履歴
登録2006年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,68444
ポリマ－200,41012
非ポリマー6,27432
水28,1211561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)195.755, 195.730, 239.680
Angle α, β, γ (deg.)65.84, 65.89, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00131, 0.99966, 0.02589), (0.99994, -0.0016, 0.01107), (0.0111, 0.02587, -0.9996)194.76367, 97.11488, -0.29481
2given(-0.99974, 0.00086, -0.02261), (0.0009, 1, -0.00182), (0.02261, -0.00184, -0.99974)392.3627, -99.73705, 93.30791
3given(-0.99983, -0.00037, 0.01862), (0.00038, -1, 0.00058), (0.01862, 0.00059, 0.99983)292.45334, 98.73705, -1.82442
4given(0.001, -0.99994, 0.01052), (0.99908, 0.00055, -0.04278), (0.04277, 0.01055, 0.99903)292.3118, -92.27222, -106.9065
5given(-0.0021, -0.99963, 0.02729), (-0.99995, 0.00183, -0.00997), (0.00992, -0.02731, -0.99958)293.69275, 193.57146, 1.50978
6given(-0.00134, -0.99988, -0.01545), (-0.99996, 0.0012, 0.00857), (-0.00855, 0.01547, -0.99984)394.95261, 194.54628, 95.04523
7given(1, 0.0006, 0.00106), (0.0006, -1, -0.00015), (0.00106, 0.00015, -1)97.86295, 198.68971, 97.35522
詳細THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A MOLECULE FORMED BY SPACEGROUP SYMMETRY EXPANSION OF THE ASYMMETRIC UNIT. COORDINATES ARE GIVEN FOR A SINGLE ASYMMETRICUNIT OF THE PROTEIN ASSEMBLY.

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE / TYPE II DEHYDROQUINASE


分子量: 16700.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RATIONALLY DESIGNED BIFUNCTIONAL INHIBITOR
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
プラスミド: PDHQ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase

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非ポリマー , 5種, 1593分子

#2: 化合物
ChemComp-RP4 / (1S,4S,5S)-1,4,5-TRIHYDROXY-3-[3-(PHENYLTHIO)PHENYL]CYCLOHEX-2-ENE-1-CARBOXYLIC ACID


分子量: 358.408 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18O5S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN AT 6MG/ML WAS EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION 15% PEG 8K, 0.1M HEPES BUFFER PH 7.5 USING THE SITING DROP METHOD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.939283
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65 Å / Num. obs: 1334888 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 1.88 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BT4

2bt4


解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 6.641 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE G CHAIN ELECTRON DENSITY IS OF SIGNIFICANTLY POORER QUALITY WHICH IN PART EXPLAINS THE HIGH R -FACTOR AND THE PRESENCE OF ONLY 8 DODECAMERS IN THE ASU AS APPOSED TO 16 IN THE MORE ORDERED 2BT4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 80795 5 %RANDOM
Rwork0.274 ---
obs0.277 1532275 76.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.59 Å2-0.21 Å2
2---0.36 Å2-0.63 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13452 0 424 1561 15437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021113891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.944155205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.145514208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.6823.9085384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.7951516440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.77115776
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.217280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0288552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2710.261261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.261830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2990.211928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3470.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3030.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.572325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.552113288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.341346092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3014.541917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.393 2402
Rwork0.359 45138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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