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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cj6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Cell Wall Invertase Inhibitor from Tobacco (pH 7.5) | ||||||
要素 | INVERTASE INHIBITOR | ||||||
キーワード | INHIBITOR (酵素阻害剤) / PROTEIN BINDING (タンパク質) / FOUR-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / HELICAL HAIRPIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | NICOTIANA TABACUM (タバコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hothorn, M. / Scheffzek, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: Multiple Crystal Forms of the Cell-Wall Invertase Inhibitor from Tobacco Support High Conformational Rigidity Over a Broad Ph-Range 著者: Hothorn, M. / Scheffzek, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cj6.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cj6.ent.gz | 30.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cj6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16031.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / 組織: CELL WALL細胞壁 / プラスミド: PETM20 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI DE3 / 参照: UniProt: O49908 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 18 % PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NAI |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.93 Å / Num. obs: 12748 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RJ1 解像度: 2→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 5.129 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.93 Å
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拘束条件 |
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