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万見
- PDB-2ch0: Solution structure of the human MAN1 C-terminal domain (residues ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ch0
タイトルSolution structure of the human MAN1 C-terminal domain (residues 655- 775)
要素INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN MAN1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / MAN1 / WINGED HELIX MOTIF / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / U1 snRNP binding / RHOD GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / nuclear inner membrane ...Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / U1 snRNP binding / RHOD GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / nuclear inner membrane / RND3 GTPase cycle / negative regulation of BMP signaling pathway / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / chromatin DNA binding / nuclear membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
MAN1, winged-helix domain / MAN1, RNA recognition motif / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily ...MAN1, winged-helix domain / MAN1, RNA recognition motif / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner nuclear membrane protein Man1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Caputo, S. / Couprie, J. / Duband-Goulet, I. / Lin, F. / Braud, S. / Gondry, M. / Worman, H.J. / Gilquin, B. / Zinn-Justin, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: The carboxyl-terminal nucleoplasmic region of MAN1 exhibits a DNA binding winged helix domain.
著者: Caputo, S. / Couprie, J. / Duband-Goulet, I. / Konde, E. / Lin, F. / Braud, S. / Gondry, M. / Gilquin, B. / Worman, H.J. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2006年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN MAN1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9211
ポリマ－15,9211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN MAN1 / LEM DOMAIN CONTAINING PROTEIN 3


分子量: 15921.214 Da / 分子数: 1 / 断片: 655-775 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y2U8
配列の詳細BECAUSE OF THE CLONING STRATEGY, THE PEPTIDE RESULTING FROM THE CLEAVAGE COMPRISES ADDITIONAL ...BECAUSE OF THE CLONING STRATEGY, THE PEPTIDE RESULTING FROM THE CLEAVAGE COMPRISES ADDITIONAL RESIDUES FROM 1 TO 5, MAN1 RESIDUES FROM 6 TO 126 AND AGAIN ADDITIONAL RESIDUES FROM 127 TO 133.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC-NOESY
22115N HSQC- NOESY
33113C HSQC-NOESY
44113C HSQC-NOESY
55113C HSQC- NOESY IN THE 13C AROMATIC REGION
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細内容: 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
150 MM PHOSPHATE, 150MM NACL 6.0 303.0 K
250 MM PHOSPHATE, 150MM NACL 6.0 303.0 K
350 MM PHOSPHATE, 150MM NACL 6.0 303.0 K
450 MM PHOSPHATE, 150MM NACL 6.0 303.0 K
550 MM PHOSPHATE, 150MM NACL 6.0 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX9002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX9004
Bruker DRXBrukerDRX6005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
XwinNMR2.5構造決定
NMRPipe2構造決定
Felix2000.1構造決定
CNS1構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE ARE BASED ON A TOTAL OF 1811 NOE-DERIVED CONSTRAINTS, 169 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES ...コンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY, STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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