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万見
- PDB-2cg5: Structure of aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase- phosphopant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cg5
タイトルStructure of aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase- phosphopantetheinyl transferase in complex with cytosolic acyl carrier protein and coenzyme A
要素
  • FATTY ACID SYNTHASE
  • L-AMINOADIPATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE-PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE/HYDROLASE / TRANSFERASE-HYDROLASE COMPLEX / TRANSFERASE-HYDROLASE (COMPLEX) / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE / FASN / ACP / COENZYME A / TRANSFERASE / HYDROLASE / LIPID SYNTHESIS / LYASE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate metabolic process / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) ...pantothenate metabolic process / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / host-mediated perturbation of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / acetyl-CoA metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / mammary gland development / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / protein maturation / fatty acid metabolic process / osteoblast differentiation / fatty acid biosynthetic process / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / magnesium ion binding / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal / : / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Methyltransferase type 12 ...: / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal / : / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Ribosomal Protein L22; Chain A / Thioesterase / Thioesterase domain / ACP-like / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Fatty acid synthase / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Joshi, A. / Papagrigoriu, E. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / von Delft, F. / Smith, S. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mechanism and Substrate Recognition of Human Holo Acp Synthase.
著者: Bunkoczi, G. / Pasta, S. / Joshi, A. / Wu, X. / Kavanagh, K.L. / Smith, S. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-AMINOADIPATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE-PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE
B: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0877
ポリマ－47,1172
非ポリマー9705
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.361, 69.361, 184.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-AMINOADIPATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE-PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE / 4'-PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE / ALPHA- AMINOADIPIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE- ...4'-PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE / ALPHA- AMINOADIPIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE- PHOSPHOPANTETHEINYL TRANSFERASE / AASD-PPT / LYS5 ORTHOLOG


分子量: 37051.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCOEX-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NRN7, L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase
#2: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE / ACYL-CARRIER-PROTEIN


分子量: 10065.395 Da / 分子数: 1 / Fragment: ACP DOMAIN, RESIDUES 2119-2207 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system

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非ポリマー , 5種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 2156 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化詳細: 0.4 M (NH4)H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC HR MULTILAYER OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.7 Å / Num. obs: 14864 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYD

2byd


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 22.568 / SU ML: 0.229 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 732 4.9 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 14089 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20.72 Å20 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 46 24 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.973730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87134455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7995338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10123.445119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.13815445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5371519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.22085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.20.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5061.51724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89622706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28731149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1144.51023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.377 62
Rwork0.32 1012
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.11361.2006-0.35864.0262-0.02743.88860.0469-0.07980.21940.05450.1486-0.2452-0.3710.2459-0.19550.1397-0.3011-0.1153-0.36530.0773-0.1646-24.232917.8985.1532
22.2311.3534-0.11176.05491.50324.24310.1069-0.12560.31510.6121-0.01540.7342-0.2032-0.5533-0.09140.1849-0.2111-0.0112-0.20380.0648-0.0813-45.05159.309915.8301
38.1749-4.32752.52847.2306-1.70193.6648-0.2277-0.2038-0.92430.2230.3165-0.34110.93620.2082-0.08880.3727-0.1123-0.1309-0.13250.02110.0647-26.389-12.579415.6774
41.6901-0.6199-0.82130.4682-1.201510.1955-0.5037-0.2077-0.20720.8330.1804-0.5487-0.15210.03010.32330.4259-0.1488-0.2139-0.18520.0903-0.0877-29.609-3.505122.3092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1A276 - 299
3X-RAY DIFFRACTION2A134 - 259
4X-RAY DIFFRACTION3B2124 - 2149
5X-RAY DIFFRACTION3B2183 - 2194
6X-RAY DIFFRACTION4B2150 - 2182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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