+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cdo | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | structure of agarase carbohydrate binding module in complex with neoagarohexaose | |||||||||
![]() | BETA-AGARASE 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-agarase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Henshaw, J. / Horne, A. / Van Bueren, A.L. / Money, V.A. / Bolam, D.N. / Czjzek, M. / Weiner, R.M. / Hutcheson, S.W. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Family 6 Carbohydrate Binding Modules in Beta-Agarases Display Exquisite Selectivity for the Non- Reducing Termini of Agarose Chains. 著者: Henshaw, J. / Horne, A. / Van Bueren, A.L. / Money, V.A. / Bolam, D.N. / Czjzek, M. / Ekborg, N.A. / Weiner, R.M. / Hutcheson, S.W. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 110.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 17105.768 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING MODULE, RESIDUES 456-593 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | 3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L- ...3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose |
---|
-非ポリマー , 4種, 624分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 460 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 532 TO MET ...ENGINEERED |
---|---|
配列の詳細 | RESIDUE 23 (NUMBERED 1 IN THE PDB FILE) IN THE GIVEN SEQUENCE CORRESPONDS TO RESIDUE 456 IN THE ...RESIDUE 23 (NUMBERED 1 IN THE PDB FILE) IN THE GIVEN SEQUENCE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: 2 M NACL, 16-20 % PEG 4000, BUFFERED TO PH 7.5 WITH 100 MM TRIS/HCL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月8日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SILICON (1 1 1) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→96.12 Å / Num. obs: 35218 / % possible obs: 69.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 11.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.41 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→98.53 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|