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万見
- PDB-2cdm: The structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdm
タイトルThe structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the recognition hairpin and the cleavage site
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3'
  • TRWC
キーワードDNA/DNA-BINDING PROTEIN / RELAXASE / BACTERIAL CONJUGATION / DNA TRANSFER / DNA-PROTEIN COMPLEX / DNA-DNA-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / TrwC
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Boer, R. / Russi, S. / Guasch, A. / Lucas, M. / Blanco, A.G. / Perez-Luque, R. / Coll, M. / de la Cruz, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Unveiling the Molecular Mechanism of a Conjugative Relaxase: The Structure of Trwc Complexed with a 27-mer DNA Comprising the Recognition Hairpin and the Cleavage Site.
著者: Boer, R. / Russi, S. / Guasch, A. / Lucas, M. / Blanco, A.G. / Perez-Luque, R. / Coll, M. / De La Cruz, F.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Recognition and Processing of the Origin of Transfer DNA by Conjugative Relaxase Trwc
著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / De La Cruz, F. / Coll, M.
履歴
登録2006年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRWC
B: 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3'
C: TRWC
D: 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9906
ポリマ－82,7984
非ポリマー1922
水4,270237
1
A: TRWC
B: 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4953
ポリマ－41,3992
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: TRWC
D: 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4953
ポリマ－41,3992
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)148.383, 148.383, 79.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 TRWC


分子量: 33066.414 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-293 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO METHIONINE DERIVATIVE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 解説: FROM THE PLASMID R388 / プラスミド: PSU1621 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q47673
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*AP *AP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*T)-3' / ORIT


分子量: 8332.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FROM THE PLASMID R388 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 18 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 18 TO PHE
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1-293 T27 DISORDERED AND NOT MODELLED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 32 % PEG MME 2000, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979269
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日 / 詳細: CRYSTALS AND MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND CRYSTAL (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979269 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 27451 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OSB

1osb


解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 10.49 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.72 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1377 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 26050 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4426 971 10 237 5644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3652.1777709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48923.246228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94515842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.991552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.23634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.52838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33524378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42133391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.624.53331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 104
Rwork0.266 1866

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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