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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cdm | ||||||
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タイトル | The structure of TrwC complexed with a 27-mer DNA comprising the recognition hairpin and the cleavage site | ||||||
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![]() | DNA/DNA-BINDING PROTEIN / RELAXASE / BACTERIAL CONJUGATION / DNA TRANSFER / DNA-PROTEIN COMPLEX / DNA-DNA-BINDING PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() G-quadruplex DNA unwinding / mitochondrial genome maintenance / replication fork reversal / telomere maintenance / single-stranded DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boer, R. / Russi, S. / Guasch, A. / Lucas, M. / Blanco, A.G. / Perez-Luque, R. / Coll, M. / de la Cruz, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unveiling the Molecular Mechanism of a Conjugative Relaxase: The Structure of Trwc Complexed with a 27-mer DNA Comprising the Recognition Hairpin and the Cleavage Site. 著者: Boer, R. / Russi, S. / Guasch, A. / Lucas, M. / Blanco, A.G. / Perez-Luque, R. / Coll, M. / De La Cruz, F. #1: ![]() タイトル: Recognition and Processing of the Origin of Transfer DNA by Conjugative Relaxase Trwc 著者: Guasch, A. / Lucas, M. / Moncalian, G. / Cabezas, M. / Perez-Luque, R. / Gomis-Ruth, F.X. / De La Cruz, F. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33066.414 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-293 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO METHIONINE DERIVATIVE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 8332.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FROM THE PLASMID R388 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | RESIDUES 1-293 T27 DISORDERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 32 % PEG MME 2000, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日 / 詳細: CRYSTALS AND MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND CRYSTAL (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979269 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 27451 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OSB 解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 10.49 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.72 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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