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万見
- PDB-2cdh: ARCHITECTURE OF THE THERMOMYCES LANUGINOSUS FUNGAL FATTY ACID SYN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdh
タイトルARCHITECTURE OF THE THERMOMYCES LANUGINOSUS FUNGAL FATTY ACID SYNTHASE AT 5 ANGSTROM RESOLUTION.
要素
  • DEHYDRATASE
  • ENOYL REDUCTASE
  • KETOACYL REDUCTASE
  • KETOACYL SYNTHASE
  • MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID SYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / FUNGAL FATTY ACID SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Beta-ketoacyl synthase / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal ...3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Beta-ketoacyl synthase / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Thiolase-like / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN 0, 1, 2, 3, Y, Z, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, ...CA ATOMS ONLY, CHAIN 0, 1, 2, 3, Y, Z, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W, X
データ登録者Jenni, S. / Leibundgut, M. / Maier, T. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Architecture of a Fungal Fatty Acid Synthase at 5 A Resolution.
著者: Jenni, S. / Leibundgut, M. / Maier, T. / Ban, N.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: ENOYL REDUCTASE
1: ENOYL REDUCTASE
2: ENOYL REDUCTASE
3: ENOYL REDUCTASE
4: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
5: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
6: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
7: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
8: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
9: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
A: KETOACYL SYNTHASE
B: KETOACYL SYNTHASE
C: KETOACYL SYNTHASE
D: KETOACYL SYNTHASE
E: KETOACYL SYNTHASE
F: KETOACYL SYNTHASE
G: KETOACYL REDUCTASE
H: KETOACYL REDUCTASE
I: KETOACYL REDUCTASE
J: KETOACYL REDUCTASE
K: KETOACYL REDUCTASE
L: KETOACYL REDUCTASE
M: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
N: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
O: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
P: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
Q: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
R: MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE
S: DEHYDRATASE
T: DEHYDRATASE
U: DEHYDRATASE
V: DEHYDRATASE
W: DEHYDRATASE
X: DEHYDRATASE
Y: ENOYL REDUCTASE
Z: ENOYL REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,091,94436
ポリマ－1,091,94436
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)217.000, 415.000, 222.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
ENOYL REDUCTASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24088.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
#2: タンパク質
MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 31119.555 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
#3: タンパク質
KETOACYL SYNTHASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42684.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類) / 参照: UniProt: P0A953*PLUS
#4: タンパク質
KETOACYL REDUCTASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25359.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類) / 参照: UniProt: Q93X62*PLUS
#5: タンパク質
DEHYDRATASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 27619.830 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
配列の詳細THE CA ATOMS OF PDB ENTRIES 1S9C, 1EDO, 1GOX AND 1NM2 WERE FITTED AS RIGID BODIES INTO ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶溶媒含有率: 66 %
解説: CA ATOMS OF PDB ENTRIES 1S9C, 1DD8, 1EDO, 1GOX, 1NM2 WERE FITTED AS RIGID BODIES INTO THE ELECTRON DENSITY

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→500 Å / Num. obs: 261067 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 4.2→4.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1S9C, 1DD8, 1EDO, 1GOX AND 1NM2

1s9c

1dd8

1edo

1gox

1nm2


解像度: 4.2→500 Å / Num. reflection obs: 261067
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10404 0 0 0 10404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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