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万見
- PDB-2cd5: Refinement of RNase P P4 stemloop structure using residual dipola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cd5
タイトルRefinement of RNase P P4 stemloop structure using residual dipolar couplings - cobalt(III) hexammine complex structure
要素5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP *UP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*C)-3'
キーワードNUCLEIC ACID / COBALT (III) HEXAMMINE COMPLEX / METAL BINDING SITE / METAL COMPLEX / P4 STEM / RIBONUCLEASE P / RIBONUCLEIC ACID / RIBOZYME / TRANSFER RNA PROCESSING
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Schmitz, M.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP *UP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7942
ポリマ－8,6331
非ポリマー1611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*CP*GP*GP*UP*CP*UP *UP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*CP*C)-3' / RNASE P RIBOZYME / P4 DOMAIN


分子量: 8633.143 Da / 分子数: 1 / 断片: P4 STEM, RESIDUES 1-27 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
配列の詳細THE SEQUENCE CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 66 TO 73, AND 354 TO 360 OF THE E. COLI RNASE P RNA, WITH ...THE SEQUENCE CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 66 TO 73, AND 354 TO 360 OF THE E. COLI RNASE P RNA, WITH TWO G:C PAIRS ADDED ON THE 5' SIDE OF THE HELIX, AND ONE U:A PAIR, ONE C:G PAIR AND A UUCG LOOP ADDED ON THE OTHER SIDE. IN THE PDB ENTRY,NUCLEOTIDES 3-10 CORRESPOND TO 66-73 IN E. COLI RNASE P RNA, AND NUCLEOTIDES 19-25 CORRESPOND TO 334-360.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINTS FROM HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENTS AS DESCRIBED IN ENTRY 1F78, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS FROM HSQC TYPE EXPERIMENTS ACQURIRED WITH ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINTS FROM HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENTS AS DESCRIBED IN ENTRY 1F78, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS FROM HSQC TYPE EXPERIMENTS ACQURIRED WITH AND WITHOUT 22 MG PER ML PF1 PHAGE IN THE SOLUTION

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 288.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIHNIHBRUNGER精密化
Xplor-NIHNIH構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS OF THE REFINEMENT PROCEDURE AGAINST RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS ARE GIVEN IN THE PRIMARY CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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