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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cbp | |||||||||
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タイトル | CUCUMBER BASIC PROTEIN, A BLUE COPPER PROTEIN | |||||||||
![]() | CUCUMBER BASIC PROTEIN | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / PHYTOCYANIN / TYPE 1 COPPER PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pollination / anther development / apoplast / extracellular matrix / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Guss, J.M. / Freeman, H.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of a phytocyanin, the basic blue protein from cucumber, refined at 1.8 A resolution. 著者: Guss, J.M. / Merritt, E.A. / Phizackerley, R.P. / Freeman, H.C. #1: ![]() タイトル: Phase Determination by Multiple-Wavelength X-Ray Diffraction. Crystal Structure of a Basic 'Blue' Copper Protein from Cucumbers 著者: Guss, J.M. / Merritt, E.A. / Phizackerley, R.P. / Hedman, B. / Murata, M. / Hodgson, K.O. / Freeman, H.C. #2: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Data for a Basic Copper-Containing Protein from Cucumber Seedlings 著者: Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramshaw, J.A. / Venkatappa, M.P. / Vickery, L.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 370.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10371.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM SEEDLINGS / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1986 | |||||||||||||||
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | Num. obs: 43466 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 0.5 詳細: 1988 ESTIMATED COORD. ERROR 0.12 ANGSTROMS (BACKBONE) ESTIMATED COORD. ERROR 0.17 ANGSTROMS (SIDE CHAIN)
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |