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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cax | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / INC18 FAMILY OF PLASMIDS / RHH / METJ/ARC SUPERFAMILY / COOPERATIVE DNA BINDING / DNA HEPTAD 5'- A/T ATCAC A/T -3' / PLASMID MAINTENANCE / DNA- BINDING / REGULATORY PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Omega Repressors Bound to Direct and Inverted DNA Repeats Explain Modulation of Transcription. 著者: Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE DESIGNATION OF THE QUATERNARY STRUCTURE AS OCTAMERICREFLECTS THE STANDARD PQS CONVENTION FOR DESCRIBINGHETEROGENEOUS ASSEMBLIES. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHICASYMMETRIC UNIT ACTUALLY CONTAINS ONE DNA FRAGMENT(COMPRISED OF CHAINS E AND F) WHICH IS BOUND TO TWOPROTEIN DIMERS (CHAINS A, B, C AND D). A FURTHER FREEDNA FRAGMENT (CHAINS G AND H) IS PRESENT IN THE A.U.THE INTERFACE BETWEEN THE TWO PROTEIN DIMERS AND DNAIS 1600 ANGSTROMS**2 AND THE INTERFACE BETWEEN THETWO PROTEIN DIMERS IS 280 ANGSTROMS**2. THE INTERFACEBETWEEN THE PROTEIN DIMER (CHAIN A, B OR CHAINS C, D)IS 1809 ANGSTROMS**2. |
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要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 GHUY
#2: DNA鎖 | 分子量: 5197.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 5254.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: IN INC18 FAMILY PLASMIDS, DIRECT REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR 由来: (合成) synthetic construct |
#4: DNA鎖 | 分子量: 5502.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#5: DNA鎖 | 分子量: 5528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: IN INC18 FAMILY PLASMIDS, DIRECT REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR 由来: (合成) synthetic construct |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 46分子 ABCD![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 6137.223 Da / 分子数: 4 / 断片: RIBBON-HELIX-HELIX DOMAIN, RESIDUES 20-71 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 19 N-TERMINAL RESIDUES DELETED, NEW N- TERMINAL RESIDUE MET19 IS A CLONING ARTEFACT 由来: (組換発現) ![]() 解説: OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRSSSOR IS ENCODED BY PLASMID PSM19035 OF THE INC18 FAMILY OF PLASMIDS. プラスミド: PET28A-DELTA19OMEGA / 発現宿主: ![]() ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | 19 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED, NEW MET19 IS A CLONING ARTIFACT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 % / 解説: STRUCTURE IS ISOMORPHOUS TO PDB ENTRY 2BNW |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 150 MM NA/KPO4, PH 7.0, 2.4 M NA2MALONATE, PH 7.5, 2% AMINOCAPROIC ACID |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 14144 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 68.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 20.726 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.43 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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