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- PDB-2cax: STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cax
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
  • ORF OMEGA
キーワードTRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / INC18 FAMILY OF PLASMIDS / RHH / METJ/ARC SUPERFAMILY / COOPERATIVE DNA BINDING / DNA HEPTAD 5'- A/T ATCAC A/T -3' / PLASMID MAINTENANCE / DNA- BINDING / REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Omega transcriptional repressor / Omega Transcriptional Repressor / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structures of Omega Repressors Bound to Direct and Inverted DNA Repeats Explain Modulation of Transcription.
著者: Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W.
履歴
登録2005年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF OMEGA
B: ORF OMEGA
C: ORF OMEGA
D: ORF OMEGA
G: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
U: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'
Y: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0328
ポリマ－46,0328
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.957, 44.655, 76.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.83355, -0.47475, 0.28251), (-0.4963, 0.41889, -0.76041), (-0.4963, 0.41889, -0.76041)109.31153, 53.77659, 30.05986
2given(-0.81163, -0.496, -0.30861), (-0.56113, 0.51507, 0.64794), (-0.16243, 0.69906, -0.69637)95.90993, 23.00034, 23.84766
3given(0.90651, 0.36242, -0.21656), (0.26275, -0.08279, 0.9613), (0.33047, -0.92833, -0.17028)23.70254, -1.66232, 21.63968
詳細THE DESIGNATION OF THE QUATERNARY STRUCTURE AS OCTAMERICREFLECTS THE STANDARD PQS CONVENTION FOR DESCRIBINGHETEROGENEOUS ASSEMBLIES. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHICASYMMETRIC UNIT ACTUALLY CONTAINS ONE DNA FRAGMENT(COMPRISED OF CHAINS E AND F) WHICH IS BOUND TO TWOPROTEIN DIMERS (CHAINS A, B, C AND D). A FURTHER FREEDNA FRAGMENT (CHAINS G AND H) IS PRESENT IN THE A.U.THE INTERFACE BETWEEN THE TWO PROTEIN DIMERS AND DNAIS 1600 ANGSTROMS**2 AND THE INTERFACE BETWEEN THETWO PROTEIN DIMERS IS 280 ANGSTROMS**2. THE INTERFACEBETWEEN THE PROTEIN DIMER (CHAIN A, B OR CHAINS C, D)IS 1809 ANGSTROMS**2.

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 GHUY

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*G)-3'


分子量: 5197.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*GP *TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量: 5254.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: IN INC18 FAMILY PLASMIDS, DIRECT REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR
由来: (合成) synthetic construct
#4: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 5502.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量: 5528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: IN INC18 FAMILY PLASMIDS, DIRECT REPEATS OCCUR IN PROMOTER REGIONS PRECEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR
由来: (合成) synthetic construct

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 46分子 ABCD

#1: タンパク質
ORF OMEGA / ORF OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR


分子量: 6137.223 Da / 分子数: 4 / 断片: RIBBON-HELIX-HELIX DOMAIN, RESIDUES 20-71 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 19 N-TERMINAL RESIDUES DELETED, NEW N- TERMINAL RESIDUE MET19 IS A CLONING ARTEFACT
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
解説: OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRSSSOR IS ENCODED BY PLASMID PSM19035 OF THE INC18 FAMILY OF PLASMIDS.
プラスミド: PET28A-DELTA19OMEGA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57468
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細19 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED, NEW MET19 IS A CLONING ARTIFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 % / 解説: STRUCTURE IS ISOMORPHOUS TO PDB ENTRY 2BNW
結晶化pH: 7.5
詳細: 150 MM NA/KPO4, PH 7.0, 2.4 M NA2MALONATE, PH 7.5, 2% AMINOCAPROIC ACID

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 14144 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 68.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 20.726 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.43 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 999 7.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 13145 88.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å23.14 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 1440 0 42 3125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4542.5244697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76635466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.865199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89324.66775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88915359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8561512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.22605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2090.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7471.51312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84421625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13433125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9484.53072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 51
Rwork0.287 758
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6181.2948-1.05911.6558-0.04652.91720.06380.16630.16090.14910.08380.3653-0.3841-0.2491-0.1476-0.05410.08120.0277-0.06350.0522-0.13044933.89110.658
22.55610.6265-1.74681.5933-1.35843.1390.0060.15760.12010.08870.1663-0.1024-0.25020.2218-0.1723-0.08380.03070.0018-0.12590.0011-0.101955.35935.3259.453
31.55251.5194-1.13872.2441-0.98083.97390.2541-0.00470.19940.4796-0.0984-0.0208-0.0462-0.1944-0.15570.01710.07250.0342-0.12380.0131-0.115934.02819.51430.717
42.96921.3462-0.04386.24422.5423.91010.32490.1678-0.00050.2468-0.11050.54750.0116-0.5643-0.2144-0.06290.0127-0.003-0.13740.0291-0.185728.92616.19930.91
510.73433.2759-0.17982.5820.13491.9957-0.08530.1068-0.32-0.02270.1283-0.09270.2012-0.2023-0.0431-0.07180.0728-0.0178-0.175-0.0023-0.186443.47816.63915.585
67.95462.249-1.36692.7869-0.07451.45780.09990.2619-0.4555-0.0591-0.0148-0.1930.1243-0.0615-0.0851-0.09630.1021-0.0479-0.11760.0065-0.23644.82616.75516.914
718.44263.8411-3.24251.5672-0.72891.1929-0.2888-0.0367-0.53780.00870.2736-0.0912-0.11860.35210.0152-0.6739-0.087-0.13520.5243-0.0890.345798.6829.10313.254
810.7771.10770.41450.16590.06750.02780.03920.04240.5053-0.1405-0.0595-0.04310.14810.39850.0203-0.5539-0.1323-0.03650.65490.02170.543596.1630.83412.993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3C24 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4D25 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5U1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6Y21 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8H22 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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