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万見
- PDB-2c9w: CRYSTAL STRUCTURE OF SOCS-2 IN COMPLEX WITH ELONGIN-B AND ELONGIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c9w
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SOCS-2 IN COMPLEX WITH ELONGIN-B AND ELONGIN-C AT 1.9A RESOLUTION
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / GROWTH REGULATION / SH2 DOMAIN / SIGNAL TRANSDUCTION INHIBITOR / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION / UBL CONJUGATION PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway ...JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / insulin-like growth factor receptor binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 ...SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Suppressor of cytokine signaling 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bullock, A. / Amos, A. / Savitsky, P. / Barr, A. / Burgess, N. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the SOCS2-elongin C-elongin B complex defines a prototypical SOCS box ubiquitin ligase.
著者: Bullock, A.N. / Debreczeni, J.E. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
C: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8609
ポリマ－43,3963
非ポリマー4646
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.290, 105.290, 70.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 2 / HUMAN SOCS2 / SOCS-2 / CYTOKINE-INDUCIBLE SH2 PROTEIN 2 / CIS-2 / STAT-INDUCED STAT INHIBITOR 2 / SSI-2


分子量: 19273.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O14508

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TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / HUMAN ELONGIN B / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGIN B / ...HUMAN ELONGIN B / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18 / ELONGIN B / ELOB / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / HUMAN ELONGIN C / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGIN C / ...HUMAN ELONGIN C / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15 / ELONGIN C / ELOC / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

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非ポリマー , 3種, 178分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細SOCS FAMILY PROTEINS PARTICIPATE AT THE CLASSICAL NEGATIVE FEEDBACK SYSTEM THAT REGULATES CYTOKINE ...SOCS FAMILY PROTEINS PARTICIPATE AT THE CLASSICAL NEGATIVE FEEDBACK SYSTEM THAT REGULATES CYTOKINE SIGNAL TRANSDUCTION. ELONGIN IS A GENERAL TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2M AMSO4 0.2M NACL, 0.1M CACODYLATE PH 6.5 300 NL SITTING DROPS AT 4 DEGREES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.90008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.25 Å / Num. obs: 395240 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0726 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 11.19 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1O4H, 1LM8

1o4h

1lm8


解像度: 1.9→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.738 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1762 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 33443 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.27 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2621 0 18 172 2811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.9833648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6395330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31423.491106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71215454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14431734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.09452712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0271091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.81411936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 130
Rwork0.253 2485
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4081-0.9939-0.31872.43241.67873.70560.0509-0.07210.0687-0.07550.0757-0.36320.02040.3356-0.1267-0.082-0.00580.0215-0.19330.0009-0.12560.35222.2114.612
20.6972-1.12851.03753.1554-2.75984.22050.09190.18790.35180.0585-0.2304-0.1896-0.26830.21430.1385-0.07590.0638-0.0061-0.08380.0733-0.04-12.35954.421-4.421
32.3959-1.08941.79253.8513-2.23345.2003-0.0283-0.05490.03660.23330.19950.3324-0.0998-0.4512-0.1711-0.09830.01870.0245-0.26070.0274-0.1692-15.71344.77710.746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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