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- PDB-2c4b: Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c4b
タイトルInhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A
要素BARNASE MCOEETI FUSION
キーワードFUSION PROTEIN / SQUASH INHIBITOR / HYBRID MICROPROTEIN / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / NUCLEASE / PROTEASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin ...Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Ribonuclease / Trypsin inhibitor 2 / Trypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS (バクテリア)
MOMORDICA COCHINCHINENSIS (植物)
ECBALLIUM ELATERIUM (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Niemann, H.H. / Schmoldt, H.U. / Wentzel, A. / Kolmar, H. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Barnase Fusion as a Tool to Determine the Crystal Structure of the Small Disulfide-Rich Protein Mcoeeti.
著者: Niemann, H.H. / Schmoldt, H.U. / Wentzel, A. / Kolmar, H. / Heinz, D.W.
履歴
登録2005年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_biol / struct_conn / struct_conn_type
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BARNASE MCOEETI FUSION
B: BARNASE MCOEETI FUSION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,79353
ポリマ－31,4552
非ポリマー4,33751
水9,170509
1
A: BARNASE MCOEETI FUSION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,66232
ポリマ－15,7281
非ポリマー1,93431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BARNASE MCOEETI FUSION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,13121
ポリマ－15,7281
非ポリマー2,40320
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.020, 217.710, 58.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2237-

HOH

21B-2174-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BARNASE MCOEETI FUSION


分子量: 15727.701 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MCOEETI IS A HYBRID OF MCOTI-II AND EETI-II. IT WAS FUSED C-TERMINALLY TO THE H102A MUTANT OF BARNASE WITH A 4-RESIDUE LINKER
由来: (組換発現) BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS (バクテリア), (組換発現) MOMORDICA COCHINCHINENSIS (植物), (組換発現) ECBALLIUM ELATERIUM (植物)
解説: MCOEETI IS A DESIGNED HYBRID CARRYING SEQUENCE DERIVED FROM MOMORDICA COCHINCHINENSIS MCOTI-II AND ECBALLIUM ELATERIUM EETI-II
プラスミド: PBAR100 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): 71-18
参照: UniProt: P00648, UniProt: P82409, UniProt: P12071, EC: 3.1.27.3

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非ポリマー , 8種, 560分子

#2: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 15 / 由来タイプ: 合成
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細HYDROLYZES PHOSPHODIESTER BONDS IN RNA, POLY- AND OLIGORIBONUCLEOTIDES, INHIBITS TRYPSIN ENGINEERED ...HYDROLYZES PHOSPHODIESTER BONDS IN RNA, POLY- AND OLIGORIBONUCLEOTIDES, INHIBITS TRYPSIN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 149 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 149 TO ALA
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 111-114:LINKER RESIDUES, 115-130 FROM MCOTI-II (UNIPROT P82409), RESIDUES 127-144 FROM ...RESIDUES 111-114:LINKER RESIDUES, 115-130 FROM MCOTI-II (UNIPROT P82409), RESIDUES 127-144 FROM EETI-II (UNIPROT P12071)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→39.8 Å / Num. obs: 114401 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A2P

1a2p


解像度: 1.3→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.44 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 2291 2 %RANDOM
Rwork0.132 ---
obs0.133 112108 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2188 0 218 509 2915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3192.0223475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.65735351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6465324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.63123.333105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.11815420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3480.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.22424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21440
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.58221574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.21432390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.018101231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.789141068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 166
Rwork0.272 8140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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