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- PDB-2c2z: Crystal structure of caspase-8 in complex with aza-peptide Michae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c2z
タイトルCrystal structure of caspase-8 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitor
要素
  • AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL) -14-[4-(3,4-DIHYDROQUINOLIN-1(2H)-YL)-4-OXOBUTANOYL] -11-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-5-(2-METHYLPROPYL)-3,6,9,12-TETRAOXO -1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN-16-OIC ACID
  • CASPASE-8 P10 SUBUNIT
  • CASPASE-8 P18 SUBUNIT
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / APOPTOSIS / CYSTEINE-PROTEASE / ICE / THIOL PROTEASE / ZYMOGEN / CPP32 / YAMA / AZA-PEPTIDE / MICHAEL ACCEPTOR / AZA-ASP / CLAN CD
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway ...caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / activation of cysteine-type endopeptidase activity / : / death-inducing signaling complex / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of necroptotic process / natural killer cell activation / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / : / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of apoptosis / pyroptotic inflammatory response / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of proteolysis / B cell activation / cellular response to organic cyclic compound / protein maturation / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type peptidase activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cytokine production / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / apoptotic signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / Regulation of NF-kappa B signaling / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / response to estradiol / heart development / peptidase activity / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. ...Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cbz-Leu-Glu-Thr-AAsp-CHCH-CON-tetrahydroquinoline / DITHIANE DIOL / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ganesan, R. / Jelakovic, S. / Ekici, O.D. / Li, Z.Z. / James, K.E. / Asgian, J.L. / Campbell, A.J. / Mikolajczyk, J. / Salvesen, G.S. / Powers, J.C. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of Aza-Peptide Michael Acceptors as Selective and Potent Inhibitors of Caspases-2, -3, -6, -7, -8, -9, and - 10.
著者: Ekici, O.D. / Li, Z.Z. / Campbell, A.J. / James, K.E. / Asgian, J.L. / Mikolajczyk, J. / Salvesen, G.S. / Ganesan, R. / Jelakovic, S. / Grutter, M.G. / Powers, J.C.
履歴
登録2005年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Other / Structure summary
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42017年2月8日Group: Source and taxonomy

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASPASE-8 P18 SUBUNIT
B: CASPASE-8 P10 SUBUNIT
C: AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL) -14-[4-(3,4-DIHYDROQUINOLIN-1(2H)-YL)-4-OXOBUTANOYL] -11-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-5-(2-METHYLPROPYL)-3,6,9,12-TETRAOXO -1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN-16-OIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2204
ポリマ－31,0683
非ポリマー1521
水5,837324
1
A: CASPASE-8 P18 SUBUNIT
B: CASPASE-8 P10 SUBUNIT
C: AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL) -14-[4-(3,4-DIHYDROQUINOLIN-1(2H)-YL)-4-OXOBUTANOYL] -11-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-5-(2-METHYLPROPYL)-3,6,9,12-TETRAOXO -1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN-16-OIC ACID
ヘテロ分子

A: CASPASE-8 P18 SUBUNIT
B: CASPASE-8 P10 SUBUNIT
C: AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL) -14-[4-(3,4-DIHYDROQUINOLIN-1(2H)-YL)-4-OXOBUTANOYL] -11-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-5-(2-METHYLPROPYL)-3,6,9,12-TETRAOXO -1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN-16-OIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4408
ポリマ－62,1356
非ポリマー3042
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.520, 62.520, 129.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CASPASE-8 P18 SUBUNIT


分子量: 18027.570 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA SUB-UNIT, RESIDUES 218-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14790, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 CASPASE-8 P10 SUBUNIT


分子量: 12238.839 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-SUBUNIT, RESIDUES 376-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q14790, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#3: タンパク質・ペプチド AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL) -14-[4-(3,4-DIHYDROQUINOLIN-1(2H)-YL)-4-OXOBUTANOYL] -11-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-5-(2-METHYLPROPYL)-3,6,9,12-TETRAOXO -1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN-16-OIC ACID


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 801.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: Cbz-Leu-Glu-Thr-AAsp-CHCH-CON-tetrahydroquinoline
#4: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE INITIAL LIGAND USED IN THE EXPERIMENT WAS CBZ-LETAD-CH=CH-CO- TETRAHYDROQUINOLINE. UPON ...THE INITIAL LIGAND USED IN THE EXPERIMENT WAS CBZ-LETAD-CH=CH-CO- TETRAHYDROQUINOLINE. UPON REACTION, THE DOUBLE BOND OPENED UP AND FORMED A COVALENT BOND BETWEEN ATOM C10 OF RESIDUE MX5 5 OF CHAIN C AND ATOM SG OF CYS 360 OF CHAIN A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.4M SODIUM CITRATE, 100MM HEPES PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.90001
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→20 Å / Num. obs: 22937 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 29.61
反射 シェル解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 7.55 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 20.38 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.95→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2150768.42 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: MISSING RESIDUES A216-222, A372-374, B374-389
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 648 3 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.171 21815 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.5 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å2-0.09 Å20 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----5.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 8 324 2300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 104 2.9 %
Rwork0.18 3473 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DTD.PARDTD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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