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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2byz | ||||||
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タイトル | Structure of E.coli KAS I H298Q mutant in complex with C12 fatty acid | ||||||
![]() | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / CLAISEN CONDENSATION / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / FATTY ACID SYNTHASE / THIOLASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Olsen, J.G. / von Wettstein-Knowles, P. / Henriksen, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fatty acid synthesis. Role of active site histidines and lysine in Cys-His-His-type beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthases. 著者: von Wettstein-Knowles, P. / Olsen, J.G. / McGuire, K.A. / Henriksen, A. #1: ![]() タイトル: Structures of Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase I Complexed with Fatty Acids Elucidate its Catalytic Machinery 著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Synthase I of Escherichia Coli: Aspects of the Condensation Mechanism Revealed by Analyses of Mutations in the Active Site Pocket 著者: Mcguire, K.A. / Siggaard-Andersen, M. / Bangera, M.G. / Olsen, J.G. / von Wettstein-Knowles, P. #3: ![]() タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Beta-Ketoacyl (Acyl Carrier Protein) Synthase I 著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 261.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44051.703 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIOESTER LINK FROM C163 TO FATTY ACID LIGAND / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P14926, UniProt: P0A953*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: 化合物 | ChemComp-NH4 / #3: 化合物 | ChemComp-DAO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL HIS-TAG MRGSHHHHHH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 % |
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: 1.9 M (NH4)2SO4, 2 % PEG400, 0.1 M BISTRIS-PROPANE PH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.086 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→212.1 Å / Num. obs: 113763 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 80.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EK4 解像度: 1.95→116.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3672733.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9161 Å2 / ksol: 0.382637 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→116.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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