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- PDB-2byz: Structure of E.coli KAS I H298Q mutant in complex with C12 fatty acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byz
タイトルStructure of E.coli KAS I H298Q mutant in complex with C12 fatty acid
要素3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / CLAISEN CONDENSATION / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / FATTY ACID SYNTHASE / THIOLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / AMMONIUM ION / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Olsen, J.G. / von Wettstein-Knowles, P. / Henriksen, A.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Fatty acid synthesis. Role of active site histidines and lysine in Cys-His-His-type beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthases.
著者: von Wettstein-Knowles, P. / Olsen, J.G. / McGuire, K.A. / Henriksen, A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structures of Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase I Complexed with Fatty Acids Elucidate its Catalytic Machinery
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Synthase I of Escherichia Coli: Aspects of the Condensation Mechanism Revealed by Analyses of Mutations in the Active Site Pocket
著者: Mcguire, K.A. / Siggaard-Andersen, M. / Bangera, M.G. / Olsen, J.G. / von Wettstein-Knowles, P.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Beta-Ketoacyl (Acyl Carrier Protein) Synthase I
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S.
履歴
登録2005年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,08012
ポリマ－176,2074
非ポリマー8738
水18,2491013
1
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5406
ポリマ－88,1032
非ポリマー4374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-48.1 kcal/mol
Surface area30480 Å2
手法PQS
2
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5406
ポリマ－88,1032
非ポリマー4374
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-39.4 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 139.250, 212.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I / KAS I


分子量: 44051.703 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIOESTER LINK FROM C163 TO FATTY ACID LIGAND / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(PREP4)
参照: UniProt: P14926, UniProt: P0A953*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物
ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1013 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HIS-TAG MRGSHHHHHHGS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 1.9 M (NH4)2SO4, 2 % PEG400, 0.1 M BISTRIS-PROPANE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.086
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.086 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→212.1 Å / Num. obs: 113763 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK4

1ek4


解像度: 1.95→116.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3672733.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 6140 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 121622 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9161 Å2 / ksol: 0.382637 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2--3.09 Å20 Å2
3----2.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→116.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11888 0 56 1013 12957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 846 5 %
Rwork0.209 16189 -
obs--80.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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