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万見
- PDB-2bx2: Catalytic domain of E. coli RNase E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bx2
タイトルCatalytic domain of E. coli RNase E
要素
  • RIBONUCLEASE E
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE / RNA-BINDING / RNA TURNOVER / RNA PROCESSING / ENDONUCLEASE / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / bacterial degradosome / ribonuclease E / ribonuclease E activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing ...regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / bacterial degradosome / ribonuclease E / ribonuclease E activity / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / protein complex oligomerization / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family ...Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Marcaida, M.J. / Callaghan, A.J. / Scott, W.G. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of E. Coli Rnase E Catalytic Domain and Implications for RNA Processing and Turnover
著者: Callaghan, A.J. / Marcaida, M.J. / Stead, J.A. / Mcdowall, K.J. / Scott, W.G. / Luisi, B.F.
履歴
登録2005年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RIBONUCLEASE E
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0235
ポリマ－62,9092
非ポリマー1143
水1,00956
1
L: RIBONUCLEASE E
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

L: RIBONUCLEASE E
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

L: RIBONUCLEASE E
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

L: RIBONUCLEASE E
R: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,09220
ポリマ－251,6368
非ポリマー45612
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)195.838, 195.838, 143.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-1510-

MG

21L-1512-

ZN

詳細THE OLIGOMERIC STRUCTURE PREDICTED FOR THIS STRUCTUREIS A DIMER OF DIMERS.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE E / RNASE E


分子量: 58215.133 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21513, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*AP*UP*UP* UP*GP*UP*U)-3')


分子量: 4693.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HAS A ROLE IN THE MATURATION OF 5S RRNA FROM ITS PRECURSORS FROM ALL THE RRNA GENES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化pH: 8
詳細: CRYSTALS OF THE RNASE E CATALYTIC DOMAIN/ RNA COMPLEX APPEARED AFTER TWO TO FOUR WEEKS IN 5 TO 20 % WT/V POLYETHYLENE GLYCOL 8,000, 0.1 M TRIS PH 7.5 TO 8.0, AND 10 TO 50 MM MAGNESIUM FORMATE AT 20OC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 36133 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 20.488 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1903 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 36133 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.17 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 293 3 56 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5512.0535787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4455503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45823.161174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.86315640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7221540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3170.21840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3450.22876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2960.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3350.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.522549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53134014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.71121871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.88931770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.474 143
Rwork0.404 2604
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.2181-1.3993-4.73320.51210.58351.78571.2711-0.10314.1360.21710.0975-0.2173-0.89450.1134-1.36860.3887-0.06990.11670.25770.14870.5936107.8835-45.7321-10.2824
25.4546-0.76840.70644.0458-0.39088.4159-0.0794-0.64791.22640.3031-0.3391-0.0202-1.8745-0.7910.41850.47910.2812-0.06720.4386-0.09740.35567.482-39.915911.1173
311.9681-0.6368-2.07843.4370.33466.16270.1678-0.04330.74290.18410.1090.2049-0.276-0.1987-0.2769-0.2885-0.12810.0376-0.13780.0478-0.304571.6021-70.1657-4.6273
42.4988-0.2433-0.36382.9007-1.08247.46560.09730.71270.4844-0.4782-0.0495-0.0444-0.4089-0.244-0.0478-0.2546-0.05130.03260.15670.0423-0.133872.7878-68.4505-11.7361
55.10190.0712.01763.7590.57315.4827-0.03480.61581.4709-0.7055-0.1616-0.4956-1.65830.2550.19640.5548-0.09690.06570.26920.28040.373576.2034-44.3545-8.6016
66.8425-0.43590.25342.28010.01744.10080.118-0.16730.2475-0.0499-0.08130.11830.07450.3093-0.0367-0.3351-0.12830.044-0.1934-0.039-0.337687.0801-69.222313.2682
74.01190.9233-2.41430.6063-0.69674.67330.1872-0.15570.59790.07070.04350.3569-0.5348-0.3552-0.2307-0.2047-0.1515-0.0099-0.1865-0.0152-0.120251.8441-74.422241.9716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1R1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2L36 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4L216 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5L119 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6L280 - 400
7X-RAY DIFFRACTION7L401 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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