PDB-2bv3: Crystal structure of a mutant elongation factor G trapped with a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bv3

タイトル

Crystal structure of a mutant elongation factor G trapped with a GTP analogue

要素

ELONGATION FACTOR G

キーワード

ELONGATION FACTOR / SWITCH II / GTP-BINDING / TRANSLATION MUTATION THR84ALA / PROTEIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosome disassembly / translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hansson, S. / Singh, R. / Gudkov, A.T. / Liljas, A. / Logan, D.T.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Mutant Elongation Factor G Trapped with a GTP Analogue.
著者: Hansson, S. / Singh, R. / Gudkov, A.T. / Liljas, A. / Logan, D.T.

#1:

ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor G Complexed with Gdp, at 2.7 A Resolution
著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B.

#2:

ジャーナル: EMBO J / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of the ribosomal translocase: elongation factor G from Thermus thermophilus.
著者: A AEvarsson / E Brazhnikov / M Garber / J Zheltonosova / Y Chirgadze / S al-Karadaghi / L A Svensson / A Liljas /

要旨: The crystal structure of Thermus thermophilus elongation factor G without guanine nucleotide was determined to 2.85 A. This GTPase has five domains with overall dimensions of 50 x 60 x 118 A. The GTP ...

#3:

ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The Structure of Elongation Factor G in Complex with Gdp: Conformational Flexibility and Nucleotide Exchange
著者: Al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Liljas, A.

#4:

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of a Mutant EF-G Reveals Domain III and Possibly the Fusidic Acid Binding Site
著者: Laurberg, M. / Kristensen, O. / Martemyanov, K. / Gudkov, A.T. / Nagaev, I. / Hughes, D. / Liljas, A.

#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Mutations in the G-Domain of Elongation Factor G from Thermus Thermophilus Affect Both its Interaction with GTP and Fusidic Acid.
著者: Martemyanov, K.A. / Liljas, A. / Yarunin, A.S. / Gudkov, A.T.

#6:

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Insights Into Fusidic Acid Resistance and Sensitivity in EF-G
著者: Hansson, S. / Singh, R. / Gudkov, A.T. / Liljas, A. / Logan, D.T.

履歴

登録	2005年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bv3.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bv3.ent.gz	109.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/2bv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/2bv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bm0S 1dar 1efg 1elo 1fnm 1ip8 1ipm 1ipo 1ipr 1jqm 1jqs 1ktv 1pn6 2bm1 2efg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2efg-d 1elo-d 3k1d-d 5hld-d 1efg-d 2oh5-2 6xgy-1 5m4o-3 4jhd-1 3aie-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (21) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (21)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (19)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (13)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (5)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (7)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ELONGATION FACTOR G

ヘテロ分子

77.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.990, 103.340, 118.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ELONGATION FACTOR G / EF-G 分子量: 76756.836 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) プラスミド: PET13A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13551
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 84 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化	pH: 7.3 詳細: 17 % PEG8000, 10 MM MGCL2, 100 MM GDPNP, 46 MM TRIS, 100 MM HEPES, pH 7.30

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9787
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日 / 詳細: MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→26.9 Å / Num. obs: 30656 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BM0

2bm0

解像度: 2.5→17.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 25.057 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-6, 42-60, 689-691 ARE MISSING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1572	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	29084	94.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→17.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	33	157	5038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.985	6754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.13	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.244	23.894	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.264	15	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.923	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.089	2	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.833	3	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.913	2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.374	3	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.428	65
R_work	0.326	1124

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5201	0.7143	-0.9098	0.8763	-0.3256	3.609	0.0231	-0.1465	-0.0747	-0.019	-0.2591	-0.1853	-0.4943	0.4839	0.236	-0.0368	-0.0893	-0.0607	-0.1813	0.0401	0.1855	-15.395	36.811	43.329
2	2.8609	1.4063	-1.9026	4.4935	-1.8057	6.7768	-0.0018	0.1811	0.1297	0.083	-0.3046	-0.4272	-0.8354	0.6426	0.3064	0.2117	-0.1143	-0.1567	-0.0957	0.1274	0.1679	-9.656	52.184	19.149
3	16.86	4.0791	3.437	18.3331	5.9093	2.1871	1.2958	1.2556	-1.673	-1.0358	-1.0103	-0.8269	0.4089	-1.778	-0.2855	0.4982	0.0844	0.0776	0.6291	0.1553	0.4041	19.158	48.005	28.747
4	4.0399	1.4299	-2.2498	1.1729	-0.5199	4.2621	-0.2471	-0.451	-0.4264	0.3376	0.2099	0.0391	0.2024	0.7007	0.0372	-0.1461	0.1567	0.0431	-0.1636	0.1092	0.2184	38.405	65.672	24.392
5	11.4261	7.3376	-7.2899	7.4801	-3.6423	7.3421	0.6709	-1.0538	-0.2384	0.394	-0.7222	-0.1048	-0.2727	-0.7854	0.0513	0.0801	-0.0994	0.0066	0.3889	0.2647	0.4338	11.15	51.161	50.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 400
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	401 - 483
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	484 - 605
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	674 - 691
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	606 - 673

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関連情報:EMDBヘッダ

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