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- PDB-2br8: Crystal Structure of Acetylcholine-binding Protein (AChBP) from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2br8
タイトルCrystal Structure of Acetylcholine-binding Protein (AChBP) from Aplysia californica in complex with an alpha-conotoxin PnIA variant
要素
  • ALPHA-CONOTOXIN PNIA
  • SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR/INHIBITOR / RECEPTOR-INHIBITOR COMPLEX / GLYCOPROTEIN / IGG-FOLD / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / PENTAMER / NICOTINIC RECEPTOR / ALPHA-CONOTOXIN / RECEPTOR / ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR / AMIDATION / NEUROTOXIN / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN / SULFATION / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin PnIA / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
CONUS PENNACEUS (アジロイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Kasheverov, I.E. / Mordvintsev, D.Y. / Hogg, R.C. / van Nierop, P. / van Elk, R. / van Rossum-Fikkert, S.E. / Zhmak, M.N. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. ...Celie, P.H.N. / Kasheverov, I.E. / Mordvintsev, D.Y. / Hogg, R.C. / van Nierop, P. / van Elk, R. / van Rossum-Fikkert, S.E. / Zhmak, M.N. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Sixma, T.K. / Smit, A.B.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Nicotinic Acetylcholine Receptor Homolog Achbp in Complex with an Alpha-Conotoxin Pnia Variant
著者: Celie, P.H.N. / Kasheverov, I.E. / Mordvintsev, D.Y. / Hogg, R.C. / Van Nierop, P. / Van Elk, R. / Van Rossum-Fikkert, S.E. / Zhmak, M.N. / Bertrand, D. / Tsetlin, V. / Sixma, T.K. / Smit, A.B.
履歴
登録2005年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
F: ALPHA-CONOTOXIN PNIA
G: ALPHA-CONOTOXIN PNIA
H: ALPHA-CONOTOXIN PNIA
I: ALPHA-CONOTOXIN PNIA
J: ALPHA-CONOTOXIN PNIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,33315
ポリマ－131,85310
非ポリマー4805
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.473, 80.085, 134.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.98077, 0.03941, -0.19116), (-0.19343, 0.32701, -0.92501), (0.02606, 0.9442, 0.32834)4.57851, 99.5722, -53.47471
2given(0.95147, -0.13588, -0.27613), (-0.2745, -0.78037, -0.56184), (-0.13914, 0.61037, -0.7798)23.79596, 180.98698, 23.7221
3given(0.95434, -0.26896, -0.13), (-0.13747, -0.78176, 0.60823), (-0.26522, -0.56259, -0.78304)29.25271, 130.55984, 126.63183
4given(0.98519, -0.16998, 0.02263), (0.02916, 0.29611, 0.95471), (-0.16899, -0.93991, 0.29668)13.71913, 21.09977, 112.04836
5given(0.98597, 0.04183, -0.16158), (-0.16664, 0.30113, -0.93891), (0.00939, 0.95266, 0.30388)2.66594, 101.02425, -52.03304
6given(0.98364, -0.0273, -0.17804), (-0.12671, -0.8074, -0.57624), (-0.12802, 0.58938, -0.79765)6.1087, 173.67, 25.92109
7given(0.95762, -0.25351, -0.13673), (-0.09061, -0.71575, 0.69245), (-0.27341, -0.65072, -0.70839)27.82446, 116.21191, 133.62135
8given(0.9887, -0.08973, 0.12007), (-0.08667, 0.31135, 0.94633), (-0.1223, -0.94605, 0.30006)0.91302, 28.22668, 108.76913

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要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN


分子量: 24688.578 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HEPES BUFFER MOLECULE IDENTIFIED IN 4 OUT OF FIVE BINDING SITES
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
Cell: GLIAL CELL / プラスミド: PFASTBACI / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: タンパク質・ペプチド
ALPHA-CONOTOXIN PNIA / ALPHA-PNIA


分子量: 1682.021 Da / 分子数: 5 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CONUS PENNACEUS (アジロイモ) / 参照: UniProt: P50984
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: ALPHA-CONOTOXINS INHIBIT THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTORS (NACHR) ENGINEERED RESIDUE ...FUNCTION: ALPHA-CONOTOXINS INHIBIT THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTORS (NACHR) ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ALA 10 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ASP 14 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ALA 10 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ASP 14 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ALA 10 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ASP 14 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, ALA 10 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, ASP 14 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, ALA 10 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, ASP 14 TO LYS
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN CONTAINS SIGNAL SEQUENCE MLVSVYLALLVACVGQAHS THAT IS CLEAVED UPON SECRETION AND IS NOT ...PROTEIN CONTAINS SIGNAL SEQUENCE MLVSVYLALLVACVGQAHS THAT IS CLEAVED UPON SECRETION AND IS NOT PRESENT IN PURIFIED PROTEIN. RESIDUES ARG206 - ASP217 IN CHAIN A,B,C,D,E ARE NOT VISUABLE IN THE STRUCTURE PNIA IN THIS STRUCTURE CONTAINS TWO MUTATIONS A10L AND D14K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 18 % PEG 3350, 180 MM NA2SO4, 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 55263 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / 冗長度: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UX2

1ux2


解像度: 2.4→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 18.569 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 2783 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 51866 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20.02 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8750 0 25 235 9010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.94612295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.20551095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.05724.634410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.156151440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2451545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.23854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4450.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4891.55727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81129075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14833835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8244.53220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.365 172
Rwork0.296 3175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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