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- PDB-1pen: ALPHA-CONOTOXIN PNI1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pen
タイトルALPHA-CONOTOXIN PNI1
要素ALPHA-CONOTOXIN PNIA
キーワードNEUROTOXIN / ACETYLCHOLINE RECEPTOR / POSTSYNAPTIC / ANTAGONIST / ACETYLCHOLINE RECEPTOR INHIBITOR
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin PnIA
機能・相同性情報
生物種Conus pennaceus (アジロイモ)
手法X線回折 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Hu, S.-H. / Gehrmann, J. / Guddat, L.W. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. / Martin, J.L.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The 1.1 A crystal structure of the neuronal acetylcholine receptor antagonist, alpha-conotoxin PnIA from Conus pennaceus.
著者: Hu, S.H. / Gehrmann, J. / Guddat, L.W. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. / Martin, J.L.
#1: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1994
タイトル: Snb: Crystal Structure Determination Via Shake-and-Bake
著者: Miller, R. / Gallo, S.M. / Khalak, H.G. / Weeks, C.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: New Mollusc-Specific Alpha-Conotoxins Block Aplysia Neuronal Acetylcholine Receptors
著者: Fainzilber, M. / Hasson, A. / Oren, R. / Burlingame, A.L. / Gordon, D. / Spira, M.E. / Zlotkin, E.
履歴
登録1996年1月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CONOTOXIN PNIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6261
ポリマ－1,6261
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)15.000, 19.800, 16.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CONOTOXIN PNIA


分子量: 1625.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus pennaceus (アジロイモ) / 参照: UniProt: P50984
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶溶媒含有率: 12 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 mg/mlPnIA1drop
20.1 Msodium potassium Tartrate1drop
30.05 MTris-HCl1drop
40.2 Msodium potassium Tartrate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月28日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 3459 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
Num. measured all: 16298 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 1.14 Å / % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.1→6.1 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 245 10 %
Rwork0.127 --
obs0.127 2536 70 %
原子変位パラメータBiso mean: 7.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→6.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数110 0 0 12 122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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