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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bpa | ||||||
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タイトル | ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS | ||||||
要素 |
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キーワード | Virus/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / SINGLE STRAND / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host process / T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage phiX174 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G. / Olson, N.H. / Baker, T.S. / Incardona, N.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Atomic structure of single-stranded DNA bacteriophage phi X174 and its functional implications. 著者: McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G. / Olson, N.H. / Baker, T.S. / Incardona, N.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992 タイトル: Structure Determination of the Bacteriophage PhiX174 著者: McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Analysis of the Single-Stranded DNA Bacteriophage PhiX174 Refined at a Resolution of 3.0 A 著者: McKenna, R. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Preliminary Investigation of the Phage PhiX174 著者: Willingmann, P. / Krishnaswamy, S. / McKenna, R. / Smith, T.J. / Olson, N.H. / Rossmann, M.G. / Stow, P.L. / Incardona, N.L. #4: ジャーナル: The Bacteriophages (The Viruses) / 年: 1988 タイトル: Biology of the Bacteriophage PhiX174 著者: Hayashi, M. / Adyama, A. / Delwood, L. / Richardson, D.L. / Hayashi, M.N. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1977 タイトル: Nucleoside Sequence of Bacteriophage PhiX174 DNA 著者: Sanger, F. / Air, G.M. / Barrell, B.G. / Brown, N.L. / Coulson, A.R. / Fiddes, J.C. / Hutchinson, C.A. / Slocombe, P.M. / Smith, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bpa.cif.gz | 144.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bpa.ent.gz | 111.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bpa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bpa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||
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| x 5||||||||
4 |
| x 6||||||||
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1497.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48423.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ) 属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03641 |
#3: タンパク質 | 分子量: 19061.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ) 属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03643 |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4107.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ) 属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P69592 |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE NUCLEIC ACID RESIDUES ARE LABELLED A AND C. WHILE THE PYRIMIDINE AND PURINE NATURES OF THE ...THE NUCLEIC ACID RESIDUES ARE LABELLED A AND C. WHILE THE PYRIMIDINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 212.345-350 1990 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 1000304 / Rmerge(I) obs: 0.129 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 27 % / Num. unique obs: 92108 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3→6 Å / Rfactor obs: 0.209 / σ(F): 5 詳細: ALL 175 AMINO ACIDS OF GPG, ALL 426 AMINO ACIDS OF GPF AND ALL BUT THE FIRST AMINO ACID OF GPJ WERE BUILT. ALSO FOUR NUCLEOTIDES (A 0-4) WERE BUILT, ALTHOUGH THE CHOICE OF NUCLEOTIDE BASES WERE ARBITRARY. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 5 / Rfactor obs: 0.209 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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