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- PDB-2bnw: Structural basis for cooperative binding of Ribbon-Helix-Helix Om... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bnw
タイトルStructural basis for cooperative binding of Ribbon-Helix-Helix Omega repressor to direct DNA heptad repeats
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'
  • ORF OMEGA
キーワードDNA-BINDING/REGULATORY PROTEIN / DNA-BINDING-REGULATORY PROTEIN COMPLEX / RIBBON-HELIX-HELIX / RHH / METJ/ARC SUPERFAMILY / COOPERATIVE DNA BINDING / INVERTED REPEATS / DNA HEPTAD / INC18 FAMILY / DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Omega transcriptional repressor / Omega Transcriptional Repressor / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structures of Omega Repressors Bound to Direct and Inverted DNA Repeats Explain Modulation of Transcription.
著者: Weihofen, W.A. / Cicek, A. / Pratto, F. / Alonso, J.C. / Saenger, W.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF OMEGA
B: ORF OMEGA
C: ORF OMEGA
D: ORF OMEGA
E: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'
G: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'
H: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6098
ポリマ－46,6098
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)219.426, 44.631, 75.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.83429, -0.4805, 0.27034), (-0.49429, 0.43467, -0.75282), (0.24422, -0.76169, -0.60015)109.69965, 53.00224, 29.66882
2given(0.91555, 0.27137, 0.29685), (0.32963, -0.0834, -0.94042), (-0.23045, 0.95885, -0.16581)-28.76051, 13.07345, 11.35475
3given(-0.81481, -0.56406, -0.13391), (-0.46838, 0.50439, 0.7254), (-0.34163, 0.65378, -0.67517)95.1518, 17.72947, 32.99157
詳細THE DESIGNATION OF THE QUATERNARY STRUCTURE AS OCTAMERICREFLECTS THE STANDARD PQS CONVENTION FOR DESCRIBINGHETEROGENEOUS ASSEMBLIES. HOWEVER, THE CRYSTALLOGRAPHICASYMMETRIC UNIT ACTUALLY CONTAINS ONE DNA FRAGMENT(COMPRISED OF CHAINS E AND F) WHICH IS BOUND TO TWOPROTEIN DIMERS (CHAINS A, B, C AND D). A FURTHER FREEDNA FRAGMENT (CHAINS G AND H) IS PRESENT IN THE A.U.THE INTERFACE BETWEEN THE TWO PROTEIN DIMERS AND DNAIS 1600 ANGSTROMS**2 AND THE INTERFACE BETWEEN THETWO PROTEIN DIMERS IS 280 ANSGTROMS**2.

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要素

#1: タンパク質
ORF OMEGA / OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / ORF OMEGA'


分子量: 6137.223 Da / 分子数: 4 / 断片: RIBBON-HELIX-HELIX DOMAIN, RESIDUES 20-71 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
解説: OMEGA TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR IS ENCODED BY PLASMID PSM19035 OF THE INC18 FAMILY OF PLASMIDS
プラスミド: PET28A-DELTA19OMEGA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57468
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*AP *TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 5486.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DIRECT DNA HEPTAD REPEATS OCCUR IN PROMOTERS PRECEEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL EPRESSOR, INC18 FAMILY OF PLASMIDS
由来: (合成) synthetic construct
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3'


分子量: 5543.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DIRECT DNA HEPTAD REPEATS OCCUR IN PROMOTERS PRECEEDING GENES CONTROLLED BY OMEGA TRANSCRIPTIONAL EPRESSOR, INC18 FAMILY OF PLASMIDS
由来: (合成) synthetic construct
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細19 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED, NEW N-TERMINAL MET19 IS A CLONING ARTEFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化pH: 7
詳細: 150 MM NA/KPO4, PH 7.0, 2.4 NA2MALONATE, PH 7.5, 2% AMINOCAPROIC ACID

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 83105 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IRQ AND 1CMA

1irq

1cma


解像度: 2.45→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 14.188 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CYTOSINES E18 AND G18 WERE ONLY MODELED FOR THE 5'- PHOSPATE AND ATOM C5'
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1044 4.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.227 24191 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-1.1 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----3.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 1440 0 79 3153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3852.524686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79835449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3124.66775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07215355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.3664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.32576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2110.51404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.51428
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.4215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1880.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.411
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5851.51305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66321617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88233011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4264.53069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.346 58
Rwork0.317 1416
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96820.0562-1.23460.94890.30631.8611-0.01910.1302-0.00710.08460.1002-0.048-0.03270.0025-0.0811-0.03960.04080.0035-0.12540.0281-0.122853.223131.507311.6711
23.443-1.0444-2.06592.3854-0.64882.026-0.12970.07030.19510.02430.27310.0488-0.0383-0.0639-0.1434-0.06390.0036-0.0009-0.09320.0074-0.129851.029438.08688.1859
30.92940.8157-0.23213.1046-0.45221.60520.0960.06630.0392-0.02530.030.18640.0529-0.1613-0.126-0.02280.0382-0.004-0.0648-0.0011-0.13732.428716.706327.489
42.23551.397-0.97483.36171.35921.98180.01610.01130.101-0.03130.11420.0534-0.0179-0.2027-0.1304-0.02090.03540.0022-0.07760.029-0.109130.791419.01434.8059
54.55411.8683-1.02652.2753-0.50471.3444-0.08520.0781-0.1776-0.08310.0764-0.03080.1195-0.04910.0089-0.0770.0587-0.0286-0.1424-0.014-0.192345.181517.072515.4878
64.00721.2707-0.44091.36980.10711.25030.0460.1273-0.13540.0024-0.0024-0.03940.0028-0.0682-0.0436-0.07540.0502-0.0379-0.13140.0276-0.179745.14316.723416.9562
72.04970.3533-0.1180.0609-0.02030.0068-0.1329-0.13180.07470.01240.0843-0.0766-0.03280.12610.04860.042-0.0191-0.03920.24210.00410.162493.496230.005312.4643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1B24 - 50
3X-RAY DIFFRACTION2A51 - 67
4X-RAY DIFFRACTION2B51 - 67
5X-RAY DIFFRACTION3C24 - 50
6X-RAY DIFFRACTION3D24 - 50
7X-RAY DIFFRACTION4C51 - 67
8X-RAY DIFFRACTION4D51 - 67
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 18
10X-RAY DIFFRACTION6F19 - 36
11X-RAY DIFFRACTION7G2 - 18
12X-RAY DIFFRACTION7H34 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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