PDB-2bln: N-terminal formyltransferase domain of ArnA in complex with N-5- ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bln

タイトル

N-terminal formyltransferase domain of ArnA in complex with N-5- formyltetrahydrofolate and UMP

要素

PROTEIN YFBG

キーワード

TRANSFERASE / FORMYLTRANSFERASE / L-ARA4N BIOSYNTHESIS / METHYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process / UDP-glucuronate dehydrogenase activity / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / NAD+ binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Williams, G.J. / Breazeale, S.D. / Raetz, C.R.H. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and Function of Both Domains of Arna, a Dual Function Decarboxylase and a Formyltransferase, Involved in 4-Amino-4-Deoxy-L-Arabinose Biosynthesis.
著者: Williams, G.J. / Breazeale, S.D. / Raetz, C.R.H. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2005年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bln.cif.gz	260.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bln.ent.gz	208.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bln_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bln_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2bln_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	2bln_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bllC 1u9j C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pry-2 2ow2-d 1yrw-d 2ow0-d 6ifs-2 5j63-4 3sn8-d 5whe-4 2h2z-d 2ovx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN YFBG

B: PROTEIN YFBG

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN YFBG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROTEIN YFBG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.176, 89.957, 97.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROTEIN YFBG / UDP-D-GLUCURONATE DEHYDROGENASE ARNA 分子量: 33246.000 Da / 分子数: 2 / 断片: FORMYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 1-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: W3310 / プラスミド: PET24B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P77398, guanidinoacetate N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-FON / N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid / [6R]-5-FORMYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / 6R-FOLINIC ACID / (6R)-5-ホルミルテトラヒドロ葉酸分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇
#3: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 17 % PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→27.9 Å / Num. obs: 183672 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.2→1.25 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0007	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.2→27.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.839 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A LOOP CONTAINING RESIDUES N35-A40 IS MISSING IN THE STRUCTURE. THE C-TERMINAL RESIDUE N305 IS MISSING IN THE STRUCTURE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.158	9117	5 %	RANDOM
R_work	0.135	-	-	-
obs	0.136	172334	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4586	0	118	648	5352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.971	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.186	3.002	10256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.926	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.012	23.208	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.427	15	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.543	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.308	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	4661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.901	1.5	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.193	2	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.25	3	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.186	4.5	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.182	668
R_work	0.147	12310

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8281	0.0521	-0.0717	0.6371	-0.0916	1.0757	-0.0053	-0.019	0.0074	0.0237	0.0038	0.0049	-0.0516	0.0164	0.0015	0.0082	0.008	0.004	-0.0072	-0.007	-0.046	15.581	55.445	12.566
2	0.8655	-0.0192	0.1607	0.6523	0.2986	0.9756	0.0346	0.0626	-0.0972	0.0127	0.0365	-0.039	0.0225	0.0336	-0.0712	0.0076	0.0009	-0.0019	0.0029	-0.0217	-0.0075	53.746	44.919	2.428
3	0.9117	0.1141	0.0108	0.976	-0.0767	0.6224	-0.0026	-0.0304	-0.0794	0.0052	0	-0.0028	0.0425	-0.0029	0.0027	0.0067	0.0019	0.0085	-0.0202	0.0085	-0.0388	7.711	15.253	28.211
4	0.736	-0.0279	-0.1791	0.5509	-0.1611	0.747	0.0179	0.0592	-0.0111	-0.0356	-0.0142	0.0153	0.0278	0.0124	-0.0037	0.0073	-0.0009	-0.003	-0.0092	-0.0002	-0.0437	45.741	17.404	13.264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	203 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	203 - 300

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)