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- PDB-2bk0: Crystal structure of the major celery allergen Api G 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bk0
タイトルCrystal structure of the major celery allergen Api G 1
要素MAJOR ALLERGEN API G 1
キーワードALLERGEN / MAJOR CELERY ALLERGEN API G 1 / BET V 1-RELATED PROTEIN / CROSS REACTIVE EPITOPES / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / PLANT DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major allergen Api g 1, isoallergen 1
類似検索 - 構成要素
生物種APIUM GRAVEOLENS (オランダミツバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schirmer, T. / Hoffmann-Sommergruber, K. / Breiteneder, H. / Markovic-Housley, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Major Celery Allergen Api G 1: Molecular Analysis of Cross-Reactivity.
著者: Schirmer, T. / Hoffmann-Somergrube, K. / Susani, M. / Breiteneder, H. / Markovic-Housley, Z.
履歴
登録2005年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow ...diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct / struct_biol
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_y_n / _exptl_crystal_grow.method ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_y_n / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct.title
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR ALLERGEN API G 1
B: MAJOR ALLERGEN API G 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6692
ポリマ－32,6692
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR ALLERGEN API G 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3351
ポリマ－16,3351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MAJOR ALLERGEN API G 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3351
ポリマ－16,3351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.878, 67.947, 48.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUAA2 - 82 - 8
21GLYGLYLEULEUBB2 - 82 - 8
12LYSLYSGLYGLYAA18 - 2218 - 22
22LYSLYSGLYGLYBB18 - 2218 - 22
13PHEPHEVALVALAA23 - 3023 - 30
23PHEPHEVALVALBB23 - 3023 - 30
14ILEILELEULEUAA44 - 6944 - 69
24ILEILELEULEUBB44 - 6944 - 69
15ILEILEGLYGLYAA71 - 9371 - 93
25ILEILEGLYGLYBB71 - 9371 - 93
16ILEILEHISHISAA95 - 12195 - 121
26ILEILEHISHISBB95 - 12195 - 121
17ASNASNALAALAAA132 - 146132 - 146
27ASNASNALAALABB132 - 146132 - 146

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2428, -0.79262, -0.55929), (-0.84552, -0.45555, 0.27854), (-0.47555, 0.40526, -0.78078)
ベクター: 68.442, 55.422, 76.57)

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要素

#1: タンパク質 MAJOR ALLERGEN API G 1 / CELERY ALLERGEN API G 1 / API G 1.0101 / API G I


分子量: 16334.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APIUM GRAVEOLENS (オランダミツバ)
組織: BULB / プラスミド: PMW175 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49372
構成要素の詳細ALLERGEN: PROVOCATES AN ALLERGIC REACTION IN HUMAN
配列の詳細N-TERMINAL MET MISSING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION. RESERVOIR: 10% DIOXANE, 0.1M MES (PH 6.5), 1.6 M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN: 35MG/ML IN 28 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ROTATING GENERATOR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.96 Å / Num. obs: 7549 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.83 Å / 冗長度: 1.59 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BV1

1bv1


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU ML: 0.404 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 315 4.6 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 6567 90 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20.84 Å2
2--4.53 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 0 0 2280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0531.9733044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94134760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.96126.4178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.52715340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.267152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.21848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1620.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2431.51948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.27422419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3463813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5754.5625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1521 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.060.05
tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.272 20
Rwork0.326 513
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1741.2498-0.13593.14161.07162.32020.08430.0652-0.41910.075-0.33050.62070.3576-0.27240.24620.2484-0.0515-0.06660.3951-0.10940.454938.274-0.69822.617
27.7761.5089-2.06672.73870.07444.85430.4443-0.64480.92250.23740.0729-0.1814-0.67090.6485-0.51730.3512-0.21710.03330.4822-0.15590.370365.28729.7740.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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