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- PDB-2bix: Crystal structure of apocarotenoid cleavage oxygenase from Synech... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bix
タイトルCrystal structure of apocarotenoid cleavage oxygenase from Synechocystis, Fe-free apoenzyme
要素APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / NON-HEME IRON / CAROTENOID CLEAVAGE / RETINAL FORMATION / DIOXYGENASE
機能・相同性all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase / all-trans-8'-apo-beta-carotenal 15,15'-oxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
機能・相同性情報
生物種SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: The Structure of a Retinal-Forming Carotenoid Oxygenase
著者: Kloer, D.P. / Ruch, S. / Al-Babili, S. / Beyer, P. / Schulz, G.E.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
B: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4856
ポリマ－108,6882
非ポリマー7974
水2,054114
1
A: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8354
ポリマ－54,3441
非ポリマー4913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6512
ポリマ－54,3441
非ポリマー3061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.928, 122.928, 205.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.35963, -0.20798, 0.90962), (-0.55265, 0.73799, 0.38724), (-0.75182, -0.64197, 0.15046)
ベクター: -107.3935, 36.9829, 140.2682)

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要素

#1: タンパク質 APOCAROTENOID-CLEAVING OXYGENASE / LIGNOSTILBENE-ALPHA / BETA-DIOXYGENASE


分子量: 54344.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: PET3B-ACO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P74334
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILBENE- ...THE NAME OF THE MOLECULE IN THE UNIPROT DATABASE WITH ACCESSION NUMBER P74334 IS LIGNOSTILBENE-ALPHA,BETA- DIOXYGENASE BUT THE DEPOSITOR MAINTAINS THAT THIS IS A DATABASE ERROR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化pH: 5.7 / 詳細: pH 5.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0716
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→45.8 Å / Num. obs: 44859 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.6.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.68→47.14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2248 5.1 %0.211
Rwork0.21 ---
all0.211 44422 --
obs0.21 44422 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / Bsol: 188 Å2 / ksol: 0.92 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7534 0 54 114 7702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00778102
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173105442
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.23744762
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0111882
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01911445
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.499781020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0491495
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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