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万見
- PDB-2bgu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bgu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE
要素BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (GLYCOSYLTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
DNA beta-glucosyltransferase, bacteriophage / Bacteriophage T4 beta-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA beta-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vrielink, A. / Rueger, W. / Driessen, H.P.C. / Freemont, P.S.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the DNA modifying enzyme beta-glucosyltransferase in the presence and absence of the substrate uridine diphosphoglucose.
著者: Vrielink, A. / Ruger, W. / Driessen, H.P. / Freemont, P.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of T4 Phage Beta-Glucosyltransferase
著者: Freemont, P.S. / Ruger, W.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1985
タイトル: T4-Induced Alpha-and Beta-Glucosyltransferase: Cloning of the Genes and a Comparison of Their Products Based on Sequencing Data
著者: Tomaschewski, J. / Gram, H. / Crabb, J.W. / Ruger, W.
履歴
登録1994年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1242
ポリマ－40,7201
非ポリマー4041
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.920, 52.260, 52.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE


分子量: 40719.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04547, DNA beta-glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.8 / PH range high: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
226 %satammonium sulfate1drop
30.05 mMUDPG1drop
40.05 Msodium citrate1drop
526 %satammonium sulfate1reservoir
60.1 mMUDPG1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 21380 / % possible obs: 94.5 % / Num. measured all: 74613 / Rmerge(I) obs: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0
詳細: THE COORDINATES ARE PRESENTED IN A COORDINATE FRAME THAT IS TRANSLATED BY 1/4*151.920 ALONG A AND 1/4*52.26 ALONG B. THUS THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *SCALE* RECORDS BELOW IS NOT THE ...詳細: THE COORDINATES ARE PRESENTED IN A COORDINATE FRAME THAT IS TRANSLATED BY 1/4*151.920 ALONG A AND 1/4*52.26 ALONG B. THUS THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *SCALE* RECORDS BELOW IS NOT THE DEFAULT. THE DICTIONARY FOR THE UDP PORTION OF THE SUBSTRATE WAS BUILT USING THE CHARM MINIMIZATION WITHIN QUANTA.
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs0.191 20885
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 25 221 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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