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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bgt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA MODIFYING ENZYME BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN THE PRESENCE AND ABSENCE OF THE SUBSTRATE URIDINE DIPHOSPHOGLUCOSE | ||||||
![]() | BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (GLYCOSYLTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / symbiont-mediated suppression of host innate immune response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vrielink, A. / Rueger, W. / Driessen, H.P.C. / Freemont, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the DNA modifying enzyme beta-glucosyltransferase in the presence and absence of the substrate uridine diphosphoglucose. 著者: Vrielink, A. / Ruger, W. / Driessen, H.P. / Freemont, P.S. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of T4 Phage Beta-Glucosyltransferase 著者: Freemont, P.S. / Ruger, W. #2: ![]() タイトル: T4-Induced Alpha-and Beta-Glucosyltransferase: Cloning of the Genes and a Comparison of Their Products Based on Sequencing Data 著者: Tomaschewski, J. / Gram, H. / Crabb, J.W. / Ruger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 364.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40719.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.8 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 19074 / % possible obs: 84.3 % / Num. measured all: 52070 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 詳細: THE COORDINATES ARE PRESENTED IN A COORDINATE FRAME THAT IS TRANSLATED BY 1/4*152.880 ALONG A AND 1/4*52.25 ALONG B. THUS THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *SCALE* RECORDS BELOW IS NOT THE DEFAULT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29.7 Å2 |