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- PDB-2bec: Crystal structure of CHP2 in complex with its binding region in N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bec
タイトルCrystal structure of CHP2 in complex with its binding region in NHE1 and insights into the mechanism of pH regulation
要素
  • Calcineurin B homologous protein 2
  • Sodium/hydrogen exchanger 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / Calcineurin-homologous protein / Calcium-binding protein / NHE1 regulating protein / METAL BINDING PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cation-transporting ATPase complex / : / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / Hyaluronan degradation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / positive regulation of action potential ...cation-transporting ATPase complex / : / Sodium/Proton exchangers / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / Hyaluronan degradation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / cellular response to electrical stimulus / potassium:proton antiporter activity / positive regulation of action potential / sodium:proton antiporter activity / maintenance of cell polarity / regulation of pH / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / cardiac muscle cell differentiation / protein phosphatase 2B binding / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of stress fiber assembly / cellular response to acidic pH / sodium ion import across plasma membrane / cardiac muscle cell contraction / response to acidic pH / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cellular response to antibiotic / regulation of focal adhesion assembly / cellular response to cold / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of the force of heart contraction / : / protein complex oligomerization / intercalated disc / monoatomic ion transport / response to muscle stretch / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to epinephrine stimulus / potassium ion transmembrane transport / T-tubule / proton transmembrane transport / cellular response to calcium ion / regulation of intracellular pH / stem cell differentiation / phospholipid binding / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / cellular response to mechanical stimulus / calcium-dependent protein binding / protein transport / cell migration / lamellipodium / positive regulation of cell growth / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / calmodulin binding / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/hydrogen exchanger 1-like / Sodium/hydrogen exchanger, regulatory region / Regulatory region of Na+/H+ exchanger NHE binds to calmodulin / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / EF hand / EF hand domain ...: / Sodium/hydrogen exchanger 1-like / Sodium/hydrogen exchanger, regulatory region / Regulatory region of Na+/H+ exchanger NHE binds to calmodulin / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Calcineurin B homologous protein 2 / Sodium/hydrogen exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ben Ammar, Y. / Takeda, S. / Hisamitsu, T. / Mori, H. / Wakabayashi, S.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of CHP2 complexed with NHE1-cytosolic region and an implication for pH regulation
著者: Ben Ammar, Y. / Takeda, S. / Hisamitsu, T. / Mori, H. / Wakabayashi, S.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the human calcineurin homologous protein CHP2 bound to the cytoplasmic region of the Na+/H+ exchanger NHE1
著者: Ben Ammar, Y. / Takeda, S. / Sugawara, M. / Miyano, M. / Mori, H. / Wakabayashi, S.
履歴
登録2005年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcineurin B homologous protein 2
B: Sodium/hydrogen exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5104
ポリマ－28,3322
非ポリマー1782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.262, 49.262, 102.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細Asymmetric unit contains one physiological unit

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要素

#1: タンパク質 Calcineurin B homologous protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 520 / Human Calcineurin Homologous Protein CHP2


分子量: 23316.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star / 参照: UniProt: O43745
#2: タンパク質・ペプチド Sodium/hydrogen exchanger 1 / Na(+)/H(+) exchanger 1 / NHE-1 / Solute carrier family 9 member 1 / Na(+)/H(+) antiporter / ...Na(+)/H(+) exchanger 1 / NHE-1 / Solute carrier family 9 member 1 / Na(+)/H(+) antiporter / amiloride-sensitive / APNH


分子量: 5015.683 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 503-545 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star / 参照: UniProt: P19634
#3: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 0.01M yttrium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL44B220.7270, 0.7266, 1.0000
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年7月11日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年12月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1rotated-inclined double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.7271
30.72661
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 6996 / Num. obs: 6807 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 350 random
Rwork0.218 --
all0.22 6746 -
obs0.22 6653 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 2 0 1674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004751
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.00095
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.514 / Rfactor Rwork: 0.385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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