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- PDB-2bdz: Mexicain from Jacaratia mexicana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bdz
タイトルMexicain from Jacaratia mexicana
要素Mexicain
キーワードHYDROLASE / mexicain / Cysteine protease / Peptidase_C1 / papain-like
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. ...Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / Mexicain
類似検索 - 構成要素
生物種Jacaratia mexicana (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Oliver-Salvador, M.C. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Soriano-Garcia, M. / Garcia-Ruiz, J.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic structure of Mexicain from Jacaratia mexicana
著者: Gavira, J.A. / Oliver-Salvador, M.C. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Soriano-Garcia, M. / Garcia-Ruiz, J.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of Mexicain
著者: Oliver-Salvador, M.C. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Gavira, J.A. / Soriano-Garcia, M. / Garcia-Ruiz, J.M.
履歴
登録2005年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Aminoacids R58 and T70 appear in the deposited sequence P84346 (name: MEX1_JACME) of the ...SEQUENCE Aminoacids R58 and T70 appear in the deposited sequence P84346 (name: MEX1_JACME) of the SWS data base as Y58 and P70 respectively but there are clear evidences for the current substitutions pointing to sequenciation errors.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mexicain
B: Mexicain
C: Mexicain
D: Mexicain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6178
ポリマ－95,1754
非ポリマー1,4424
水6,828379
1
A: Mexicain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1542
ポリマ－23,7941
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mexicain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1542
ポリマ－23,7941
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mexicain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1542
ポリマ－23,7941
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mexicain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1542
ポリマ－23,7941
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.356, 90.454, 80.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.636, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is the monomer. The asymetric unit contains four biological units named A,B,C and D.

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要素

#1: タンパク質
Mexicain


分子量: 23793.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: latex / 由来: (天然) Jacaratia mexicana (植物)
参照: UniProt: P84346, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 20 % (w/v) PEGl 6000, 0.1 M citrate, 15 % (v/v) ethanolamine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.8 Å / Num. obs: 47249 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 3.115 / Net I/σ(I): 17.271
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 3.495 / Num. measured obs: 4587 / Χ2: 1.694 / % possible all: 97.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The initial model was calculated using the SWISS-MODEL server using ProModII for modelling and GROMOS96 for energy minimization (Schwede et al., 2000). Initial models pdb I.Ds.: ...開始モデル: The initial model was calculated using the SWISS-MODEL server using ProModII for modelling and GROMOS96 for energy minimization (Schwede et al., 2000). Initial models pdb I.Ds.: 1yal, 1gec, 1ppo, 1meg and 1pci

1yal

1gec

1ppo

1meg

1pci


解像度: 2.1→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 5.066 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MolProbity, XtalView were also used for the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 4576 10 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.183 ---
obs-40977 95.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.046 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0.27 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 0 100 379 6951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.969206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2225844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38823.958283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.555151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8471536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.23462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.24695
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23524312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81936742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.322900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.80132464
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.103-2.1580.2972950.1892707350885.576
2.158-2.2170.2633150.1822739341689.403
2.217-2.2810.2642890.1782794335591.893
2.281-2.3520.2573020.1822687320393.319
2.352-2.4290.2613050.1832666314494.497
2.429-2.5140.2682870.1852614303495.616
2.514-2.6090.2492920.1892527293995.917
2.609-2.7150.2752790.1962424279696.674
2.715-2.8360.2322680.1882393272097.831
2.836-2.9740.2562740.1732268258498.375
2.974-3.1340.2272500.182163245098.49
3.134-3.3240.2292350.1732086233699.358
3.324-3.5530.2022120.1711969219699.317
3.553-3.8370.2192000.1571849205599.708
3.837-4.2030.181890.1541681187699.68
4.203-4.6970.2221620.151549171399.883
4.697-5.4210.2261500.1671353150699.801
5.421-6.6310.2391310.2051144127999.687
6.631-9.3460.195950.167909100899.603
9.346-80.3220.3460.27545557686.979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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