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- PDB-2bck: Crystal Structure of HLA-A*2402 Complexed with a telomerase peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bck
タイトルCrystal Structure of HLA-A*2402 Complexed with a telomerase peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Domains / Beta barrels / MHC Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process ...positive regulation of hair cycle / template-free RNA nucleotidyltransferase / positive regulation of transdifferentiation / TERT-RMRP complex / DNA strand elongation / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of protein localization to nucleolus / siRNA transcription / telomerase catalytic core complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / establishment of protein localization to telomere / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / nuclear telomere cap complex / siRNA processing / telomere maintenance via recombination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / RNA-templated transcription / DNA biosynthetic process / telomeric DNA binding / positive regulation of stem cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / mitochondrial nucleoid / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of cellular senescence / Telomere Extension By Telomerase / replicative senescence / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / detection of bacterium / T cell receptor binding / response to cadmium ion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / telomere maintenance / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / positive regulation of D-glucose import / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / mitochondrion organization / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / transcription coactivator binding / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / regulation of protein stability / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / PML body / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / RNA-directed DNA polymerase / positive regulation of type II interferon production / telomerase activity
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...: / Telomerase reverse transcriptase, C-terminal extension / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomerase reverse transcriptase / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Jakobsen, B.K. / Cole, D.K. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of HLA-A*2402 complexed with a telomerase peptide.
著者: Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Gao, F. / Watson, N.I. / Boulter, J.M. / Bell, J.I. / Sami, M. / Gao, G.F. / Jakobsen, B.K.
履歴
登録2005年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Telomerase reverse transcriptase
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Telomerase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,39218
ポリマ－93,2566
非ポリマー1,13712
水2,306128
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Telomerase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,29210
ポリマ－46,6283
非ポリマー6657
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Telomerase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1008
ポリマ－46,6283
非ポリマー4725
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12750 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area38960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.505, 132.186, 91.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22A
13E
23B
14F
24C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLNGLNDD1 - 1801 - 180
21GLYGLYGLNGLNAA1 - 1801 - 180
12ARGARGASPASPDD181 - 284181 - 284
22ARGARGASPASPAA181 - 284181 - 284
13METMETMETMETEE0 - 991 - 100
23METMETMETMETBB0 - 991 - 100
14VALVALLEULEUFF1 - 91 - 9
24VALVALLEULEUCC1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細One biological unit is made up of 1 heavy chain, 1 light chain and 1 peptide. There are two copies in the asymmetric unit: Chains A,B and C make one biological unit; Chains D,E and F amke another biological unit

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / MHC class I antigen A*24 / Aw-24 / A-9 / HLA-A*2402 Heavy Chain / alpha chain


分子量: 33720.203 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / HLA-A*2402 Light Chain


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit / HEST2 / Telomerase-associated protein 2 / TP2


分子量: 1028.248 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-9 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in human.
参照: UniProt: O14746, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 140分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Chloride, 0.1M HEPES, 10% v/v Dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月4日
放射モノクロメーター: Si(111) sagittal bend / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→78.62 Å / Num. obs: 28450 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 79.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. measured obs: 4174 / Num. unique all: 4174 / Rsym value: 0.917 / % possible all: 99.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 46 / R rigid body: 46.4 / Cor.coef. Fo:Fc: 53.9 / Cor.coef. Io to Ic: 26.1
最高解像度最低解像度
Translation3 Å29.488 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AO7

1ao7


解像度: 2.8→78.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 29.779 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.915 / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, BUT NOT OUTPUT TO THE COORDINATE SET
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1438 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.187 28388 --
obs0.187 28388 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.81 Å20 Å25.7 Å2
2---4.21 Å20 Å2
3---3.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→78.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6422 0 64 128 6614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9419012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.687313240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.9075784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.59123.333354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.361151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2161558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.31532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.36094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.53210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.53623
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.5365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1220.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.380
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2380.512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7125051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.89221612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.78736320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.07743239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.97262692
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数RmsタイプWeight
1D27410.51MEDIUM POSITIONAL0.5
1D27411.95MEDIUM THERMAL2
2D15430.49MEDIUM POSITIONAL0.5
2D15432.03MEDIUM THERMAL2
3E15760.56MEDIUM POSITIONAL0.5
3E15761.97MEDIUM THERMAL2
4F1450.56MEDIUM POSITIONAL0.5
4F1451.84MEDIUM THERMAL2
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 103 -
Rwork0.367 1961 -
all-2064 -
obs--98.01 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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