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- PDB-2bbn: SOLUTION STRUCTURE OF A CALMODULIN-TARGET PEPTIDE COMPLEX BY MULT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A CALMODULIN-TARGET PEPTIDE COMPLEX BY MULTIDIMENSIONAL NMR
要素
  • CALMODULIN
  • MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / regulation of muscle filament sliding / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / regulation of muscle filament sliding / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin V complex / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / actin filament-based movement / myosin V binding / channel regulator activity / cellular response to ethanol / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / muscle cell cellular homeostasis / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / centriole replication / enzyme regulator activity / centriole / sensory perception of sound / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic spindle / sensory perception of smell / midbody / cell cortex / calmodulin binding / centrosome / calcium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Bax, A. / Ikura, M. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Solution structure of a calmodulin-target peptide complex by multidimensional NMR.
著者: Ikura, M. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Zhu, G. / Klee, C.B. / Bax, A.
履歴
登録1992年7月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
B: MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8276
ポリマ－19,6672
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN


分子量: 16694.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
器官: SKELETAL / 参照: UniProt: P62152
#2: タンパク質・ペプチド MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE


分子量: 2972.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P07313
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE (I.E. AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL RESTRAINTS, DEVIATIONS FROM ...詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE (I.E. AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL RESTRAINTS, DEVIATIONS FROM IDEALITY FOR BOND LENGTHS, ANGLES, PLANES AND CHIRALITY, NON-BONDED CONTACTS, ATOMIC RMS DIFFERENCES BETWEEN THE CALCULATED STRUCTURES). THE STRUCTURES ARE BASED ON 1827 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE MEASUREMENTS; 148 HYDROGEN-BONDING DISTANCE RESTRAINTS FOR 74 HYDROGEN-BONDS IDENTIFIED ON THE BASIS OF THE NOE AND AMIDE PROTON EXCHANGE DATA, AS WELL AS THE INITIAL STRUCTURE CALCULATIONS; 24 RESTRAINTS FOR THE 4 CALCIUM IONS, AND 113 PHI TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM COUPLING DATA, CONSTANTS, NOE AND 13C SECONDARY CHEMICAL SHIFTS. THE METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURES IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD [M.NILGES, G.M.CLORE, AND A.M.GRONENBORN, FEBS LETT. 229, 317-324 (1988)]. THE QUANTITY PRESENTED IN THE B VALUE FIELD OF ATOM AND HETATM RECORDS BELOW HAS NO MEANING.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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