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万見
- PDB-2b7y: Fava Bean Lectin-Glucose Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b7y
タイトルFava Bean Lectin-Glucose Complex
要素
  • Favin alpha chain
  • Favin beta chain
キーワードLECTIN / lectin-glucose complex / plant lectin / glycoprotein / carbohydrate binding protein / d-glucose / protein-carbohydrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / : / Favin
類似検索 - 構成要素
生物種Vicia faba (ソラマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Reeke Jr., G.N. / Becker, J.W.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: Three-dimensional structure of favin: saccharide binding-cyclic permutation in leguminous lectins
著者: Reeke Jr., G.N. / Becker, J.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Favin, a crystalline lectin from Vicia faba
著者: Wang, J.L. / Becker, J.W. / Edelman, G.M. / Reeke Jr., G.N.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: The chemical characterization of favin, a lectin isolated from Vicia faba
著者: Hemperly, J.J. / Hopp, T.P. / Becker, J.W. / Cunningham, B.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Amino acid sequence and variant forms of favin, a lectin from Vicia faba
著者: Hopp, T.P. / Hemperly, J.J. / Cunningham, B.A.
履歴
登録2005年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Favin beta chain
B: Favin alpha chain
C: Favin beta chain
D: Favin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08612
ポリマ－51,0934
非ポリマー9938
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18710 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.000, 89.300, 67.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Asymmetric unit contains biological assembly, an alpha(2)-beta(2) tetramer

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Favin beta chain / lectin


分子量: 19973.172 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-182 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: extracted from seeds / 由来: (天然) Vicia faba (ソラマメ) / 参照: UniProt: P02871
#2: タンパク質 Favin alpha chain / lectin


分子量: 5573.199 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 183-233 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: extracted from seeds / 由来: (天然) Vicia faba (ソラマメ) / 参照: UniProt: P02871

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
解説: The data were collected in 1974, the exact date is not available.
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: 1 M glucose, 0.01 M sodium phosphate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.18 Å / Num. all: 10599 / Num. obs: 10599 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
ROCKSデータスケーリング
CROWTHER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Pea lectin. Einspahr et al. (1986) J.Biol.Chem. 261:16518-16527.

解像度: 3→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 21.043 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. EARLY REFINEMENT USED PROLSQ (AUTHORS: KONNERT AND HENDRICKSON) FOLLOWED BY TORSION-ANGLE MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT USING CNX (AUTHORS: ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. EARLY REFINEMENT USED PROLSQ (AUTHORS: KONNERT AND HENDRICKSON) FOLLOWED BY TORSION-ANGLE MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT USING CNX (AUTHORS: BRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS, GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG, KUSZEWSKI, NILGES, PANNU, READ, RICE, SIMONSON, WARREN).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 545 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.227 10599 --
obs0.227 10599 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---0.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.346 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 56 8 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.9365072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8655452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08624.875160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.96615546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.472158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3030.22066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3470.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69223692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84231613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0574.51380
LS精密化 シェル解像度: 3→3.071 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 23 -
Rwork0.237 578 -
all-601 -
obs--73.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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