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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b1i | ||||||
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タイトル | crystal structures of transition state analogue inhibitors of inosine monophosphate cyclohydrolase | ||||||
![]() | Bifunctional purine biosynthesis protein PURH | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HYDROLASE / ATIC / IMPCH / structure-base / transition state analogue / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() De novo synthesis of IMP / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, L. / Chong, Y. / Hwang, I. / D'Onofrio, A. / Amore, K. / Beardsley, G.P. / Li, C. / Olson, A.J. / Boger, D.L. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based Design, Synthesis, Evaluation, and Crystal Structures of Transition State Analogue Inhibitors of Inosine Monophosphate Cyclohydrolase. 著者: Xu, L. / Chong, Y. / Hwang, I. / D'Onofrio, A. / Amore, K. / Beardsley, G.P. / Li, C. / Olson, A.J. / Boger, D.L. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of avian AICAR transformylase in complex with a novel non-folate inhibitor identified by virtual ligand screening 著者: Xu, L. / Li, C. / Olson, A.J. / Wilson, I.A. #2: ![]() タイトル: Successful virtual screening for human AICAR transformylase inhibitors against NCI diversity set using AutoDock. 著者: Li, C. / Xu, L. / Wolan, D.W. / Wilson, I.A. / Olson, A.J. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of a bifunctional transformylase and cyclohydrolase enzyme in purine biosynthesis 著者: Greasley, S.E. / Horton, P. / Ramcharan, J. / Beardsley, G.P. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. #4: ![]() タイトル: Structural insights into the avian AICAR transformylase mechanism 著者: Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Beardsley, G.P. / Wilson, I.A. #5: ![]() タイトル: Structure of avian AICAR transformylase with a multisubstrate adduct inhibitor beta-DADF identifies the folate binding site 著者: Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Wall, M.J. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A. #6: ![]() タイトル: Structural insights into the human and avian IMP cyclohydrolase mechanism via crystal structures with the bound XMP Inhibitor 著者: Wolan, D.W. / Cheong, C.-G. / Greasley, S.E. / Wilson, I.A. #7: ![]() タイトル: Crystal structures of human bifunctional enzyme aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide transformylase/IMP cyclohydrolase in complex with potent sulfonyl-containing antifolates 著者: Cheong, C.G. / Wolan, D.W. / Greasley, S.E. / Horton, P.A. / Beardsley, G.P. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64497.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Includes: Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (AICAR transformylase), IMP cyclohydrolase (Inosinicase, IMP synthetase, ATIC) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P31335, IMP cyclohydrolase, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-93A / [ #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 8000, imidazole, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99997 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 75375 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 2.621 / D res high: 2.02 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 97.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 75375 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rsym value: 0.065 / Χ2: 2.621 / Net I/σ(I): 24.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 7071 / Num. unique all: 7071 / Rsym value: 0.275 / Χ2: 1.105 / % possible all: 91.5 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 43.6 / Cor.coef. Fo:Fc: 49.2 / Cor.coef. Io to Ic: 50.3
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1G8M 解像度: 2.02→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 10.998 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→38.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.018→2.071 Å / Total num. of bins used: 20
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