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万見
- PDB-2b0s: Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b0s
タイトルCrystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex with MN peptide
要素
  • Fab 2219, heavy chain
  • Fab 2219, light chain
  • MN peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-peptide complex / HIV-1 / gp120 / v3 loop
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) neutralizing antibody 2219 in complex with three different V3 peptides reveal a new binding mode for HIV-1 cross-reactivity.
著者: Stanfield, R.L. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 2219, light chain
H: Fab 2219, heavy chain
P: MN peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6318
ポリマ－49,3273
非ポリマー3045
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.471, 60.471, 275.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド MN peptide of Exterior membrane glycoprotein GP120 / gp120


分子量: 2221.630 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 308-325 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs in Human immunodeficiency virus type 1 (isolate MN)
参照: UniProt: P05877

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Fab 2219, light chain


分子量: 22949.303 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: peripheral blood cells / 器官: blood
#2: 抗体 Fab 2219, heavy chain


分子量: 24155.715 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: peripheral blood cells / 器官: blood

-
非ポリマー , 3種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% PEG 400, 0.2M potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→69.01 Å / Num. all: 23835 / Num. obs: 23835 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1162 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 7FAB

7fab


解像度: 2.3→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.271 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26665 1195 5 %RANDOM
Rwork0.21685 ---
all0.21926 22624 --
obs0.21926 22624 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3449 0 20 191 3660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9544840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9237199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2315453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71624.104134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88215545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0491513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.23029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7511.52884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1271.5929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93723670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49431553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1334.51170
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 75 -
Rwork0.276 1643 -
obs-1643 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1882-0.76330.10150.7634-0.59571.74840.01820.57430.0324-0.3117-0.0874-0.26250.11480.02550.0692-0.00680.01350.0421-0.13470.0385-0.124624.584161.8127144.2352
21.908-0.4362-0.08355.9426-3.18324.78090.13410.2237-0.2653-0.1342-0.03330.03680.5044-0.3384-0.1009-0.0179-0.0304-0.009-0.0657-0.0019-0.042443.370337.9077151.6725
31.4146-0.49270.66421.8712-1.25912.79120.02710.0205-0.02270.06740.00070.0808-0.0228-0.1118-0.0279-0.0829-0.01040.016-0.2365-0.0095-0.149714.340259.2174161.8069
47.83890.0011-1.11812.3965-1.21012.4069-0.03010.1349-0.2679-0.0692-0.0086-0.21770.2718-0.02250.03870.0354-0.0034-0.0402-0.16070.0304-0.050452.827138.7713165.0012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1071 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2LA108 - 212114 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1131 - 124
4X-RAY DIFFRACTION3PC303 - 3201 - 16
5X-RAY DIFFRACTION4HB114 - 229125 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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