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万見
- PDB-2b0d: EcoRV Restriction Endonuclease/GAATTC/Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b0d
タイトルEcoRV Restriction Endonuclease/GAATTC/Ca2+
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*T)-3'
  • Type II restriction enzyme EcoRV
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-nucleic acid recognition / indirect readout / restriction enzyme / substrate specificity / noncognate / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hiller, D.A. / Rodriguez, A.M. / Perona, J.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Non-cognate Enzyme-DNA Complex: Structural and Kinetic Analysis of EcoRV Endonuclease Bound to the EcoRI Recognition Site GAATTC
著者: Hiller, D.A. / Rodriguez, A.M. / Perona, J.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural and energetic origins of indirect readout in site-specific DNA cleavage by a restriction endonuclease
著者: Martin, A.M. / Sam, M.D. / Reich, N.O. / Perona, J.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Simultaneous DNA binding and bending by EcoRV endonuclease observed by real-time fluorescence
著者: Hiller, D.A. / Fogg, J.M. / Martin, A.M. / Beechem, J.M. / Reich, N.O. / Perona, J.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: DNA cleavage by EcoRV endonuclease: two metal ions in three metal ion binding sites
著者: Horton, N.C. / Perona, J.J.
履歴
登録2005年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*T)-3'
A: Type II restriction enzyme EcoRV
B: Type II restriction enzyme EcoRV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1736
ポリマ－64,0934
非ポリマー802
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.000, 48.400, 63.600
Angle α, β, γ (deg.)97.20, 109.00, 106.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3356.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Type II restriction enzyme EcoRV / 3.1.21.4 / Endonuclease EcoRV / R.EcoRV


分子量: 28690.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoRVR / プラスミド: pBSRV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): mm294
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4K, Hepes, NaCl, CaCl2, Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 4K11
2Hepes11
3NaCl11
4CaCl211
5H2O11
6PEG 4K12
7Hepes12
8NaCl12
9CaCl212
10Glycerol12
11H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 30291 / % possible obs: 89.1 % / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
X-PLOR精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→6 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.302 -
Rwork0.22 -
obs-30291
原子変位パラメータBiso mean: 19.952 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 446 2 262 4488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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