PDB-2auc: Structure of the Plasmodium MTIP-MyoA complex, a key component of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2auc

タイトル

Structure of the Plasmodium MTIP-MyoA complex, a key component of the parasite invasion motor

要素

Myosin A
Myosin A Tail Interacting Protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SGPP / Structural GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE MTIP / MyoA / myosin A-tail / MyoA Tail Interacting Protein / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / actin filament organization / actin filament binding / vesicle / calcium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bosch, J. / Turley, S. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of the MTIP-MyoA complex, a key component of the malaria parasite invasion motor.
著者: Bosch, J. / Turley, S. / Daly, T.M. / Bogh, S.M. / Villasmil, M.L. / Roach, C. / Zhou, N. / Morrisey, J.M. / Vaidya, A.B. / Bergman, L.W. / Hol, W.G.

履歴

登録	2005年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 42

MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ...

Remark 999

SEQUENCE The sequence of myosin A tail domain interacting protein is not available at SWS and ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2auc.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2auc_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	2auc_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2auc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2auc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5dud-2 5vqh-d 5fh2-d 4wiu-d 5vy1-d 4wie-d 3oq3-d 6yi9-d 6mpp-d 2qew-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pkno002849AAA

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リンク

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登録構造単位

A: Myosin A Tail Interacting Protein

B: Myosin A Tail Interacting Protein

C: Myosin A Tail Interacting Protein

D: Myosin A

46.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.239, 95.239, 87.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Myosin A Tail Interacting Protein / MTIP 分子量: 14812.686 Da / 分子数: 3 / 断片: myosin A tail domain interacting protein MTIP / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: D0VWV5*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Myosin A / MyoA 分子量: 1843.290 Da / 分子数: 1 / 断片: myosin A / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence of this peptide naturally exists in Plasmodium yoelli 参照: UniProt: Q7RQ71*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 20 % w/v PEG200, 0.05 M sodium acetate pH5.3, 1 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97953 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 13219 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.739 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / R_sym value: 0.799 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 29.053 / SU ML: 0.311 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.993 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES 156 - 159, 183, 185, 188, 189 OF CHAIN B WERE MODELED WITHOUT SIDE CHAINS AS NO SIDE CHAIN DENSITY IS OBSERVABLE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28326	693	5 %	RANDOM
R_work	0.22658	-	-	-
obs	0.22938	13219	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.113 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0.73 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2949	0	0	71	3020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.939	1.954	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.327	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.823	25.155	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.013	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.448	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.286	0.2	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.045	4	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.49	6	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.592	6	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.489	10	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.739 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	106	-
R_work	0.267	1897	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.866	0.3879	0.2494	8.5217	-0.2601	8.7921	-0.2551	-0.0864	-0.1055	0.0866	0.4744	0.1069	-0.2765	0.3807	-0.2194	-0.0496	-0.0024	-0.018	-0.0192	0.0337	-0.1152	61.2316	-3.062	17.7353
2	18.3013	-1.7981	1.8845	2.4051	-0.6241	0.2805	-0.0269	0.3079	0.0028	-0.3392	-0.0502	0.0637	0.1011	0.4973	0.0771	-0.0085	-0.0343	0.0178	0.0504	0.0824	-0.0929	61.2788	-3.0603	9.0198
3	39.2023	3.5811	-1.6786	4.377	-4.0608	7.7179	0.2545	-0.0754	0.17	-0.192	-0.0777	-0.1139	-0.3945	-0.3442	-0.1768	0.0689	0.0381	0.0449	-0.1536	0.1057	-0.0189	37.6746	-7.1178	7.104
4	27.7073	-17.0592	3.1707	25.5772	-4.0768	7.0812	0.7755	0.1989	0.941	0.1167	-0.6065	0.7565	-0.5813	-0.0124	-0.169	-0.085	-0.1067	0.1453	0.0107	0.0884	0.039	29.703	-11.4586	14.8907
5	5.9148	3.3365	-3.5451	8.1534	-6.5246	9.7341	-0.2189	-0.2197	-0.501	-0.1027	0.0974	-0.44	-0.2426	-0.3036	0.1215	-0.0563	-0.0235	-0.03	-0.0683	-0.052	0.0451	40.115	-16.1587	6.6916
6	10.2388	-1.5615	-13.372	0.3163	0.783	37.6718	0.8071	-1.394	-1.2567	-0.0602	-0.518	-1.0653	1.0049	1.0838	-0.2891	-0.0976	-0.184	-0.1139	0.0212	0.2258	0.1121	45.3246	-19.6611	14.7196
7	5.8116	-3.0657	2.3361	13.2774	-4.8325	13.8062	0.0981	-0.4687	0.6451	2.1771	-0.5887	-0.9343	-1.7335	0.1262	0.4906	0.1321	-0.2522	-0.0856	-0.0347	0.0749	-0.0388	38.5	-10.8272	18.8777
8	0.4604	-1.9753	-0.8649	10.2724	0.3456	7.928	-0.3137	0.6807	0.4969	-0.4507	0.036	-0.8683	-0.1013	0.368	0.2777	-0.1199	0.0288	0.0306	0.0472	-0.0251	0.0711	40.7644	10.9387	-17.8207
9	9.4505	-9.6648	2.7531	11.9529	-8.9262	18.8495	0.0446	-0.2705	-1.9854	-0.2834	-0.0555	0.0766	0.1626	0.5744	0.0109	-0.0327	0.179	0.1004	-0.2722	-0.1217	0.0257	40.4058	1.7849	-13.8641
10	3.1146	5.163	2.5657	16.1336	0.508	3.9652	-0.0022	0.3173	0.1011	-0.5204	0.2354	0.596	0.0182	-0.1566	-0.2332	-0.0099	0.0325	-0.0001	-0.0594	0.001	-0.0232	31.0179	10.9492	-14.7303
11	2.8705	-5.4173	0.2864	10.5398	-1.5586	3.3072	-0.2895	0.0868	-0.0836	0.5626	0.1584	-0.2305	0.1834	-0.2236	0.131	0.0655	0.0462	-0.0267	-0.0488	0.0011	-0.0331	38.0503	9.3288	-7.2158
12	4.2347	0.694	5.3077	45.3423	-6.7037	7.9208	0.3216	0.1827	0.0085	-0.3715	-0.1581	0.1059	0.6771	0.2616	-0.1636	0.079	-0.0522	0.0055	-0.0711	-0.019	-0.1183	38.277	-11.1211	-5.0633
13	19.9655	0.1969	-5.049	32.1686	-18.6773	12.0639	-0.2281	1.6461	-2.7232	-2.0705	-0.9927	-0.9924	2.3375	1.7646	1.2208	0.4333	0.165	0.2512	-0.1595	-0.2904	0.0493	34.7121	-24.4552	-8.9011
14	2.3244	-4.974	5.6721	20.2494	6.6957	50.7722	0.5414	-0.3693	-1.4924	-0.5037	-0.1389	0.4405	-0.7351	-0.717	-0.4025	-0.328	-0.2951	-0.0233	0.0348	0.2165	0.075	26.4586	-18.2146	-4.1531
15	16.7218	6.6043	2.9283	2.8224	4.1606	42.6727	-0.8779	0.0587	-0.7619	0.1194	0.5145	1.0192	-1.0395	0.0124	0.3634	0.0565	-0.0474	-0.1393	-0.044	0.1069	0.071	23.1823	-11.5565	-10.6157
16	15.1431	-16.346	2.8253	56.8082	-21.2229	8.9601	0.6064	0.4373	0.0387	-1.2769	0.371	-0.4245	0.6664	0.5876	-0.9774	0.4024	-0.0414	-0.0725	-0.0692	-0.273	-0.1665	36.023	-12.7456	-14.1301
17	45.2427	-8.6815	1.7367	37.5289	-8.4118	1.8865	-0.0332	-2.0075	0.1503	0.0125	-0.6031	0.0746	-1.3045	-0.9917	0.6362	-0.0314	0.0409	0.0647	0.0308	0.0904	-0.2573	30.5899	-2.4771	1.4629
18	1.8151	-3.2485	2.4736	10.4285	1.7583	11.6615	-0.1327	-0.3791	-1.0863	0.3493	0.1615	0.6287	0.1035	-0.5511	-0.0288	-0.1181	-0.0503	0.0057	-0.0203	0.1882	0.0441	45.4462	7.1162	5.421
19	19.2387	1.2974	4.8332	13.2011	0.7708	5.7336	0.4975	-0.9066	0.7019	1.5814	0.1181	0.2954	0.0088	-0.2047	-0.6156	0.0343	0.0279	0.0623	-0.0241	-0.0578	-0.1264	43.3321	16.1351	11.3639
20	22.1867	-3.2149	-11.0934	3.1911	7.7996	19.6161	-0.0914	-0.8268	0.4895	0.3979	0.1678	-0.1825	-1.0047	0.1403	-0.0764	0.0589	0.0268	-0.0111	-0.1359	0.0451	-0.002	43.7405	16.0697	2.9018
21	43.2445	-7.4465	-14.2559	6.297	-0.0581	12.4785	-0.0294	-0.1849	-0.8014	-0.2898	-0.0401	-0.0312	0.4369	-0.0749	0.0694	0.0737	-0.0522	-0.0308	-0.2362	-0.0017	-0.0781	59.9852	13.1103	-6.2339
22	4.8646	-2.3754	0.3004	12.2607	-0.1001	10.5113	-0.2724	0.128	-0.8048	-0.6613	0.2358	-0.8001	0.6997	0.4524	0.0366	-0.0627	0.0781	0.0589	-0.1453	0.0549	0.0414	75.6242	9.3309	-7.6653
23	8.5106	-0.2674	2.5562	6.0084	-0.6823	3.9956	-0.1262	-0.3634	-0.674	-0.0927	-0.0611	-0.3479	0.4098	0.1316	0.1873	-0.0084	0.0322	0.0563	-0.0695	0.1283	-0.0288	73.6719	8.1189	1.9166
24	10.186	-2.6563	0.0747	6.1565	4.1444	17.8753	-0.8256	-0.4699	-0.0235	0.7808	-0.2385	0.1358	-0.2595	-0.271	1.064	-0.0185	-0.0682	-0.0658	-0.1155	0.093	0.0234	69.0687	17.584	4.1878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	88 - 117	10 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	118 - 140	40 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	141 - 152	63 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	153 - 162	75 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	163 - 176	85 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	177 - 188	99 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	189 - 203	111 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	89 - 101	11 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	102 - 110	24 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	111 - 124	33 - 46
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	125 - 137	47 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	138 - 151	60 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	152 - 162	74 - 84
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	163 - 173	85 - 95
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	174 - 189	96 - 111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	195 - 204	117 - 126
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	79 - 85	1 - 7
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	89 - 109	11 - 31
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	115 - 125	37 - 47
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	126 - 135	48 - 57
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	136 - 149	58 - 71
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	150 - 173	72 - 95
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	174 - 204	96 - 126
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	D	803 - 816	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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