[日本語] English
万見
- PDB-2aty: Complement receptor chimaeric conjugate CR2-Ig -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aty
タイトルComplement receptor chimaeric conjugate CR2-Ig
要素Complement receptor chimeric conjugate CR2-Ig
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / antibody / complement
機能・相同性
機能・相同性情報


complement receptor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / complement binding / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / complement activation, alternative pathway / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...complement receptor activity / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / complement binding / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / complement activation, alternative pathway / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / type I interferon-mediated signaling pathway / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / B cell activation / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / transmembrane signaling receptor activity / antibacterial humoral response / virus receptor activity / receptor complex / defense response to bacterium / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-1 chain C region secreted form / Complement receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液散乱 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR
データ登録者Gilbert, H.E. / Aslam, M. / Guthridge, J.M. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Extended Flexible Linker Structures in the Complement Chimaeric Conjugate CR2-Ig by Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Modelling: Implications for Function and Therapy.
著者: Gilbert, H.E. / Aslam, M. / Guthridge, J.M. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2005年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement receptor chimeric conjugate CR2-Ig
B: Complement receptor chimeric conjugate CR2-Ig


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9972
ポリマ－83,9972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Complement receptor chimeric conjugate CR2-Ig / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 41998.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric protein consisting of portions of a complement component CR2 from human, a linker region, and a portion of Immunoglobulin gamma chain from mouse.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: CR2, C3DR, Ighg1, Igh-4 / 細胞株 (発現宿主): NS/0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P20023, UniProt: P01868

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液散乱

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12781
22781
32781
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSRS 2.111.54
NUCLEAR REACTORILL BEAMLINE D11210
SPALLATION SOURCEISIS INSTRUMENT LOQ32.0-10.0
検出器
タイプID検出器日付
500-CHANNEL1QUADRANT DETECTOR1999年4月1日
3_He CERCA2AREA DETECTOR1999年6月1日
3-He ORDELA3AREA DETECTOR2000年2月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2ROTATING DRUMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3TIME OF FLIGHTLAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
2101
321
Soln scatter

Conc. range: 0.2-0.4 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Num. of time frames: 1 / Protein length: 1 / Sample pH: 7.4 / Source class: Y / 温度: 288 K

タイプIDBuffer nameData reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Source beamlineSource type
x-ray110 MM NA PHOSPHATE 137 MM NACLOTOKOQUADRANT DETECTOR5.390.142.180.072.1SRS DARESBURY
neutron210 MM NA PHOSPHATE 137 MM NACL 99.9% D2OCOLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR5.290.011.930.12LOQISIS RUTHERFORD

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
OTOKOデータ削減
SPOLLYデータ削減
COLETTEデータ削減
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
OTOKOデータスケーリング
SPOLLYデータスケーリング
COLETTEデータスケーリング
SCTPLV. 7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 0 0 752
Soln scatter modelNum. of conformers submitted: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る