PDB-5ebu: Aerococcus viridans L-lactate oxidase Y215F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ebu

タイトル

Aerococcus viridans L-lactate oxidase Y215F mutant

要素

L-lactate oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavin / lactate / oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aerococcus viridans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rainer, D. / Nidetzky, B. / Wilson, D.K.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Conformational flexibility related to enzyme activity: evidence for a dynamic active-site gatekeeper function of Tyr(215) in Aerococcus viridans lactate oxidase.
著者: Stoisser, T. / Brunsteiner, M. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B.

履歴

登録	2015年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ebu.cif.gz	553.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ebu.ent.gz	455.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ebu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/5ebu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2j6x-1 4rje-d 2j6x-2 2du2-d 4yl2-d 2w0u-1 6m73-1 6m74-1 6rht-1 2w0u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate oxidase

B: L-lactate oxidase

C: L-lactate oxidase

D: L-lactate oxidase

E: L-lactate oxidase

F: L-lactate oxidase

G: L-lactate oxidase

H: L-lactate oxidase

ヘテロ分子

331 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate oxidase

B: L-lactate oxidase

C: L-lactate oxidase

D: L-lactate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate oxidase

F: L-lactate oxidase

G: L-lactate oxidase

H: L-lactate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.346, 119.184, 119.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-lactate oxidase 分子量: 40832.711 Da / 分子数: 8 / 変異: T102A, S163G, Y215F, G232A, R255A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aerococcus viridans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q44467, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG, 50 mM Tris-HCl, 50 mM pyruvate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 87748 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.75 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.73 % / R_merge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.6→39.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 11.711 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24596	2637	3 %	RANDOM
R_work	0.18191	-	-	-
obs	0.18382	85084	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→39.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22333	0	296	268	22897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	23143
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	21630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.965	31408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	49743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.436	5	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.75	24.145	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.139	15	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.101	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	26619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.387	2.446	11610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.387	2.446	11609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.26	3.665	14495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.259	3.665	14496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.481	2.56	11533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.48	2.56	11532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.454	3.78	16913
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.977	19.74	27663
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.977	19.748	27635
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	196	-
R_work	0.251	5974	-
obs	-	-	95.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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