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万見
- PDB-2atb: Triple mutant 8D9D10V of scorpion toxin LQH-alpha-IT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2atb
タイトルTriple mutant 8D9D10V of scorpion toxin LQH-alpha-IT
要素neurotoxin alpha-IT
キーワードTOXIN / alpha toxin / muation / scorpion
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Alpha-insect toxin LqhaIT
類似検索 - 構成要素
生物種Leiurus quinquestriatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kahn, R. / Karbat, I. / Gurevitz, M. / Frolow, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structures of Lqh-alpha-IT and Lqh-alpha-IT8D9D10V mutant
著者: Kahn, R. / Karbat, I. / Gurevitz, M. / Frolow, F.
履歴
登録2005年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: neurotoxin alpha-IT
B: neurotoxin alpha-IT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9227
ポリマ－14,6392
非ポリマー2845
水3,801211
1
A: neurotoxin alpha-IT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3812
ポリマ－7,3191
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: neurotoxin alpha-IT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5415
ポリマ－7,3191
非ポリマー2224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.907, 70.907, 170.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-78-

HOH

21A-97-

HOH

31B-647-

HOH

41B-652-

HOH

51B-672-

HOH

詳細Biologically active in monomeric form

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要素

#1: タンパク質 neurotoxin alpha-IT


分子量: 7319.305 Da / 分子数: 2 / 変異: K9D, N10D, Y11V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus (サソリ) / 組織: venom gland / プラスミド: pET-11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17728
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.01M Cobaltous Chlorid hexahydrate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 1M of 1,6 Hexnediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→65.51 Å / Num. all: 29230 / Num. obs: 29230 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.961
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1403 / Rsym value: 0.052 / Χ2: 0.712 / % possible all: 99.5

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.514 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.412
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å31.18 Å
Translation3 Å31.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ASC

2asc


解像度: 1.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.489 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 1484 5.1 %RANDOM
Rwork0.127 ---
all0.129 29202 --
obs0.129 29202 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.481 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1016 0 17 211 1244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.9431452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533.0181744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.99323.46252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37415155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.804158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0710.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7743830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2653267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.99451033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.4717524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.0410418
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.31832334
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.9663212
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.44431777
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 105 -
Rwork0.172 1978 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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