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万見
- PDB-2jve: Solution structure of the extracellular domain of Prod1, a protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jve
タイトルSolution structure of the extracellular domain of Prod1, a protein implicated in proximodistal identity during amphibian limb regeneration
要素Prod 1
キーワードTOXIN / Ly-6 / three-finger snake toxin / UPAR / CD59 / Limb regeneration
機能・相同性CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta / Prod 1
機能・相同性情報
生物種Notophthalmus viridescens (両生類)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Garza-Garcia, A. / Harris, R. / Esposito, D. / Driscoll, P.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Solution structure and phylogenetics of Prod1, a member of the three-finger protein superfamily implicated in salamander limb regeneration.
著者: Garza-Garcia, A. / Harris, R. / Esposito, D. / Gates, P.B. / Driscoll, P.C.
履歴
登録2007年9月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月19日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 999Sequence The sequence is not available at UniProt database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prod 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2241
ポリマ－10,2241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prod 1


分子量: 10223.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Notophthalmus viridescens (両生類)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8D0E6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1433D 1H-13C NOESY
1533D 1H-13C aromatic NOESY
1623D CBCA(CO)NH
1723D HNCO
1823D HNCA
1923D HN(CA)CB
11023D HN(CO)CA
11123D HN(CA)CO
11223D HA(CA)NH
11323D HN(CACO)NH
11433D (H)CCH-TOCSY
11533D (H)CCH-COSY
11613D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-15N] Prod1, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] Prod1, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] Prod1, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMProd1[U-15N]1
50 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
1 mMProd1[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
1 mMEDTA2
1 mMProd1[U-13C; U-15N]3
50 mMsodium phosphate3
150 mMsodium chloride3
1 mMEDTA3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
ANSIGKraulis, P.J.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, C.D. et al.精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures were calculated using an ab-initio simulated annealing protocol within the CNS/Xplor-NIH programs with PARALLHDG v5.3 parameter set and PROLSQ non-bonded energy function. ...詳細: the structures were calculated using an ab-initio simulated annealing protocol within the CNS/Xplor-NIH programs with PARALLHDG v5.3 parameter set and PROLSQ non-bonded energy function. Cartesian and torsion angle dynamics were used to refine the structures.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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